أنكر الرئيس المعزول 'محمد مرسي ' المتهم الأول في القضية المعروفة إعلامياً ب ' التخابر مع قطر ' الاتهامات الموجهة له من النيابة في القضية', مضيفاً بأنه يرفض المحاكمة و التي وصفها ب ' المهزلة ' ليتدخل القاضي منبهاً إياه بأن المحكمة ستتغاضي هذه المرة عن تحريك الدعوي الجنائية ضده بتهمة إهانة المحكمة مطالباً منه الالتزام ب ' أدبيات مخاطبة القاضي '. ودفع ' مرسي ' في خلال تعليقه علي الاتهامات الموجهة له من النيابة بعدم ' الاختصاص الولائي ' للمحكمة لمحاكمته لأنه وفق قوله لازال رئيس الجمهورية الشرعي مضيفاً في حديثه للقاضي قائلاً له ' أنتم لستم قضاتي وهذه ليست محاكمتي ' وفقاً للدستور و القانون. كان الرئيس المعزول قد استهل حديثه المقتضب بالتأكيد علي أنه لم يٌخطر بالقضية شفوياً أو بأي طريقة و تم إحضاره للمحكمة ' عنوة ' وفق تعبيره, وبرز في حديث مرسي هجومه علي الرئيس ' عبد الفتاح السيسي ' دون ذكر اسمه حينما وصف ما أعقب ثورة الثلاثين من يونيو ب ' الانقلاب ' متابعاً بأن من قام به عليه أن يٌحاكم علي جريمة لا تسقط بالتقادم. وأسندت النيابة إلي الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها: ارتكاب جرائم الحصول علي سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلي دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست علي خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلي تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء علي حريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، بهدف تغيير نظام الحكم بالقوة والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه.