مازالت العلاقة بين نقابة الاطباء ووزارة الصحة تشهد توترات مستمرة، وتبادلا للاتهامات بسبب تداخل الاختصاصات. رفضت نقابة الاطباء قرار وزير الصحة الذي يجيز الفصل بين أقسام الطب الطبيعي والاطباء العاملين بالعلاج الطبيعي، وينص القرار علي عدم خضوع ممارس العلاج الطبيعي غير الاطباء لاي اشراف من الطبيب المعالج، واكدت النقابة أن القرار صادر بالمخالفة لحكم المحكمة الادارية العليا الذي قضي بعدم جواز الفصل بين أقسام الطب الطبيعي والعلاج الطبيعي، وجاء في حيثياته ان الفصل التام بين عمل ممارس العلاج الطبيعي وطبيب الطب الطبيعي في غير صالح المريض، وبناء علي هذا الحكم صدر الامر التنفيذي من وزير الصحة بمنع الفصل، لكن لم يعمم علي المستشفيات لتنفيذه، حتي اصدر الوزير قراره. بينما تقدم د. هشام عطا رئيس قطاع الطب العلاجي بوزارة الصحة بتقرير للدكتور أحمد عماد الدين وزير الصحة والسكان، أعرب خلاله عن استياء مديري المستشفيات علي مستوي الجمهورية من تدخلات وكيلة نقابة الأطباء في نظام العمل بالمستشفيات الحكومية. وأشار التقرير إلي قيام وكيل نقابة الأطباء بإحالة 5 من مديري المستشفيات للجنة آداب المهنة لمخالفتهم قرارات الجمعية العمومية للنقابة والتزامهم بالقانون. ولفت التقرير إلي أن الأطباء الخمسة التزموا بالقانون ورفضوا تنفيذ قرارات الجمعية العمومية المخالف للقانون، حيث إن المادة رقم 74 من قانون النقابة رقم 45 لسنة 1969 تنص علي أنه لا يجوز مساءلة أي عضو تأديبياً أمام هيئة التأديب المختصة بالنقابة إلا إذا أخل بأحكام القانون أو ارتكب «خطأ مهنيا»، وحينما سُئلت الجمعية العمومية لقسمي الفتوي والتشريع بمجلس الدولة عن الجهة التي يجب علي الطبيب الحكومي إطاعة أوامرها، أجابت صراحة بأنه لا يجوز إلزام الأطباء الحكوميين بقرار صادر من الجمعية العمومية للنقابة بالمخالفة للقانون. كما اكد احمد عماد الدين وزير الصحة ان نقابة الاطباء خالفت القانون بإحالته إلي التحقيق بصفته.. مشيرا إلي انه كوزير لا يحاسبه سوي مجلس النواب اما النقابة فليس من اختصاصها محاسبة وزير الصحة وقد تم تقديم بلاغ ضد النقابة وانذارهم علي يد محضر لتجاوز اعضائها لاختصاصاتهم التي حددها القانون. جاء ذلك خلال زيارة وزير الصحة لمحافظة كفر الشيخ.