يقوم مركز المخطوطات بمكتبة الإسكندرية بفهرسة جميع مقتنياته ضمن مشروع الفهرسة الإلكترونية صرح بذلك الدكتور مدحت عيسي مدير المركز.. وأوضح أن المشروع يقدم قاعدة بيانات شاملة لجميع مخطوطات المركز التابع للقطاع الأكاديمي بالمكتبة الأصلية والمصورة .. ويأتي علي رأسها مخطوطات بلدية الإسكندرية والمخطوطات العربية والتي تمكِّن الباحثَ من الإحاطة التامة بكلِّ مكوِّنات المخطوط في معظم المجالات .