أوقعت قرعة تصفيات كأس الأمم الأفريقية 2012 المنتخب المصري حامل اللقب في مجموعة متوسطة المستوى بينما ظلمت المنتخبين الجزائري والمغربي بوقوعهما في مجموعة واحدة في الوقت الذي يخوض المنتخب التونسي التصفيات ضمن مجموعة سهلة وفي نفس الوقت تبدو فرصة المنتخب السوداني في غاية الصعوبة حيث وقع في واحدة من أصعب المجموعات كما وقع كل من المنتخبين الليبي والموريتاني في مجموعة متوسطة المستوى. وأجريت القرعة السبت في لوبومباشي بالكونغو والتي تستضيف الأحد مباراة كأس السوبر الأفريقي بين فريقي الملعب المالي ومازيمبي الكونغولي وزعت المنتخبات ال44 المشاركة في التصفيات على 11 مجموعة تضم كل منها أربعة منتخبات. وأوقعت القرعة المنتخب المصري الفائز بلقب البطولات الثلاث الماضية وصاحب الرقم القياسي في عدد مرات الفوز باللقب (سبع مرات) ضمن المجموعة السابعة التي ضمت معه منتخبات جنوب أفريقيا وسيراليون والنيجر. كما أوقعت المنتخب الجزائري أحد ممثلي القارة السمراء في كأس العالم 2010 بجنوب أفريقيا على رأس المجموعة الرابعة التي ضمت معه منتخبات المغرب وتنزانيا وأفريقيا الوسطى، ووضع المنتخب التونسي على رأس المجموعة الحادية عشر التي تضم معه منتخبات مالاوي وتشاد وبوتسوانا ، ولم تخدم القرعة المنتخب السوداني على الإطلاق حيث أوقعته في المجموعة التاسعة الصعبة للغاية التي يتقدمها المنتخب الغاني وتضم معهما منتخبي الكونغو وسوازيلاند وجاء المنتخب الليبي ضمن المجموعة الثالثة التي تضم معه منتخبات زامبيا وموزمبيق وجزر القمر بينما وقع المنتخب الموريتاني ضمن المجموعة السادسة مع منتخبات بوركينا فاسو وجامبيا وناميبيا. وأسفرت القرعة عن وقوع منتخبات مالي والرأس الأخضر وزيمبابوي وليبيريا في المجموعة الأولى ونيجيريا وغينيا وإثيوبيا ومدغشقر في المجموعة الثانية والكاميرون والسنغال والكونغو الديمقراطية وموريشيوس في المجموعة الخامسة وكوت ديفوار وبنين ورواندا وبوروندي في المجموعة الثامنة وأنجولا وأوغندا وكينيا وغينيا بيساو في المجموعة العاشرة ، ويتأهل من التصفيات جميع المنتخبات التي ستتصدر مجموعتها في نهاية التصفيات على أن يرافقها للنهائيات أفضل ثلاثة منتخبات تحتل المركز الثاني في هذه المجموعات ليبلغ إجمالي عدد المتأهلين للنهائيات عبر التصفيات 14 منتخبا ، ويخوض منتخبا الجابون وغينيا الاستوائية النهائيات دون خوض التصفيات حيث يمثلان الدولتين المضيفتين للنهائيات بالتنظيم المشترك. وفيما يلى المجموعات المجموعة الأولى: مالي وكيب فيردي وزيمبابوي وليبريا. المجموعة الثانية: نيجيريا وغينيا ومدغشقر وأثيبوبيا. المجموعة الثالثة: زامبيا وموزمبيق وليبيا وجزر القمر. المجموعة الرابعة: الجزائر والمغرب وتنزانيا وإفريقيا الوسطى. المجموعة الخامسة: الكاميرون والسنغال والكونغو الديمقراطية ومورشيوس. المجموعة السادسة: بوركينا فاسو وجامبيا ونامبيا وموريتانيا. المجموعة السابعة: مصر وجنوب إفريقيا والنيجر وسيراليون. المجموعة الثامنة: كوت ديفوار وبنين ورواندا وبورندي. المجموعة التاسعة: غانا والكونغو والسودان وسويزلاند. المجموعة العاشرة: أنجولا وأوغندا وكينيا وغينيا بيساو. المجموعة الحادية عشر: تونس ومالاوي وتشاد وبتسوانا.