يرى عدد من الدبلوماسيين السودانيين، ان الحالة السائدة للعلاقات بين الخرطوم وانجمينا، منذ استقلال تشاد في عام 1960، هي التوتر. فمنذ ان خرج المستعمر الفرنسي، وتولى الرئيس تمبلباي زمام الحكم في البلاد لم تشهد العلاقات بين البلدين الاستقرار الا استثناء. وحسب السفير السوداني فإن اسوأ الفترات هي اواخر الستينات، خاصة فترة حكم الصادق المهدي في السودان، وان السوء بلغ اوجه في الحكومة الثانية للصادق المهدي 1986 وحتى عام 1989. كما أشار الى بعض استقرار في العلاقات في فترة التسعينات. وتبدو الصورة قاتمة طبقا لمراقبين، خاصة في ظل تبادل الطرفين الاتهامات بتقديم الدعم اللوجستي للحركات المسلحة في البلدين، منذ تأجج النزاع في دارفور 2003. ولكن رغم ذلك، لم يكن عام 2003 كله شر على صعيد العلاقات، حيث انجز الطرفان جملة اتفاقيات في شتى المجالات المتعلقة بسبل تطوير العلاقات الثنائية بين البلدين، من بينها: التعاون الأمني ومجال ترسيم الحدود ومعالجة النزاعات القبلية وعمليات النهب المسلح وغيرها. ووصل الجانب الايجابي في مسيرة العلاقات في ذات العام مرحلة تكوين لجنة عليا مشتركة بين البلدين ،وتوصلت في العام نفسه الى اتفاقيتين للتعاون الأمني وإنشاء مقر لجامعة السودان بانجمينا ومذكرة تفاهم للتنسيق السياسي في بيان ختامي ممهور بتوقيع نائب الرئيس علي عثمان ورئيس وزراء تشاد. وفي ما بعد اتفاق السودان وتشاد على التعاون للقضاء على عصابات النهب المسلح والخارجين على القانون في دارفور، لدى زيارة الرئيس ديبي للسودان في أبريل (نيسان) 2003، الأمر الذي وصفه الرئيس البشير بالمهم في تلك الفترة. كما شهد عام 2003 عدة اجتماعات فنية تنسيقية لحسم الاختلالات الأمنية بدارفور، وفي السياق هاتف البشير ديبي عدة مرات، وتم تكوين لجنة سداسية مشتركة بين الحزبين الحاكمين في البلدين، لاجراء عدة تنسيقات في المجالات المختلفة، ولدعم التوجه على ما يبدو، قامت تشاد بطرد المشتبه في مشاركتهم في زعزعة استقرار السودان، من الحركات المسلحة في دارفور. وعلى النسق زار الرئيس البشير انجمينا للمشاركة بالعيد الوطني لتشاد وعودة ديبي من الاستشفاء، ولبحث عودة الاستقرار للمنطقة في الثلث الأخير من عام 2003. وتلى الخطوة توقيع على بيان مشترك لإيقاف الانفلات الأمني وتبادل المعلومات والشفافية التامة في تعامل الأجهزة المعنية في البلدين، ثم مباحثات عسكرية للعون المشترك لتأمين الحدود والحد من نشاط المعارضة المسلحة بالحدود. ليلتقي الرئيسان البشير وديبي آخر عام 2003 لوضع حد نهائي للمشاكل الأمنية في دارفور. ويعتبر الدبلوماسيون ان عام 2004 مضى في هدوء وحمل الكثير من اللقاءات والمزيد من الاتفاقات، أبرزها القمة المشتركة بين البشير وديبي بأنجمينا والاتفاق على مؤتمر عام لحل مشكلات دارفور في أبريل، وكانت الأحداث تشير الى تقدير كبير من الخرطوم لدور ديبي في إنجاح المفاوضات الأخيرة، ومضى الرئيس ديبي في ارسال الاشارات باستمرار بلاده في الوساطة في نزاع دارفور، توجت باتفاق مشترك لجمع السلاح بالتزامن في البلدين، ثم التقى الرئيسان البشير وديبي مجدداً ذات العام في مدينة الجنينة عاصمة غرب دارفور بحثا تأمين الحدود وتكوين قوة مشتركة لإنهاء اعتداءات الميليشيات على المدنيين بالحدود. ويعتبر الدبلوماسيون ان عام 2005 هو عام النكسة في مسار العلاقات بين الخرطوم وانجمينا، ومرد ذلك حسب تحليلاتهم هو تعارض المصالح، وتمثلت النكسة في ان تشاد اتهمت السودان بتسليح ثلاثة آلاف متمرد عبر الحدود لزعزعة الامن، لكن الخرطوم اتبعت سياسة التهدئة، وفي سياقها بعثت بوفد رسمى الى تشاد في اكتوبر (تشرين الاول) 2005 لاحتواء الانفاس الساخنة الصادرة من تشاد، غير انها اخفقت في الامر، فلعبت ذات اللعبة التشادية، حيث اتهمت انجمينا بتأجيج الصراع في دارفور ودعم الحركات المسلحة. وبعد ما دفعت تشاد بمبادرة لحل الأزمة عادت من جديد لاتهام السودان بتهديد أمن بلاده، واصفة إياه بالكذب وفي خضم تصاعد الاحداث اتفقت لجنة مشتركة بين المؤتمر الوطني والحركة الوطنية للإنقاذ التشادية على ملامح وخطوط عريضة لاحتواء التوتر شرعت بعده الحكومة التشادية في سحب قواتها المتمركزة في الحدود، بحجة مطاردة المعارضة التشادية، بينما ظل وزير إعلامها يحمل الخرطوم مسؤولية المعارك التي تدور في مدينة أدري التشادية. وكرد فعل للتوجه الجديد من الخرطوم في تعاطيها مع الملف الساخن بين البلدين، دشنت حملة دبلوماسية ضد استضافة الخرطوم للقمة الافريقية، في عام 2005، كما اعلنت أنها في حالة حرب مع السودان. في مطلع عام 2006 دفع الرئيس الليبي معمر القذافي بمبادرة لحل الأزمة يطرحها في قمة الخرطوم، وجدت القبول من السودان، وجرى على الاثر اجتماع قمة بين ديبي والبشير انهت بإعلان طرابلس في فبراير (شباط) من نفس العام، غير انه قبل ان يجف مداد الاعلان اتهم السودان تشاد بمساندة الحركات المسلحة في تنفيذ هجوم على غرب دارفور من داخل اراضيها تشاد، وفي ابريل (نيسان) من نفس العام اتهم ديبي السودان بالعمل على زعزعة الاستقرار في بلاده، ولكن القذافي حرص على التهدئة. واستنجد السودان اثر توالي العواصف بين العاصمتين بفرنسا وطلبت تدخل الرئيس شيراك في الامر لحسمه نهائيا، وعبر تحرك فرنسى ليبي تعانق البشير وديبي في قمة «بانجول» الافريقية وعادت العلاقات الى الهدوء المشوب بالحذر، لتتوتر الاوضاع بعد اتهام السودان لتشاد بدعم جبهة الخلاص المسلحة في دافور والتورط في عدة معارك في دارفور.