بإعلان مجلس الوزراء موافقته على تعديل قانون تنظيم الجامعات واعتبار جميع الوظائف القيادية في الجامعات خالية بدءا من الأول من أغسطس/ آب 2011، ثار الجدل ولم ينته بعد بين الأساتذة بالجامعات المصرية المختلفين على كيفية الاختيار؛ البعض ينادي بالانتخاب الحر المباشر، وآخرون يطالبون بضوابط ولجان تفاضل بين ترشيحات الكليات على أسس ومعايير محددة. أساتذة جامعيون ورؤساء جامعات وأعضاء بحركة 9 مارس اتفقوا – في تصريحاتهم الخاصة لموقع أخبار مصر www.egynews.net - على ضرورة استقلال الجامعات، لكنهم اختلفوا في طريقة اختيار عمداء الكليات ورؤساء الجامعات. تسويف من الوزير الدكتور سيد البحراوي، الأستاذ بكلية الأداب جامعة القاهرة والعضو بحركة 9 مارس لاستقلال الجامعات، قال إن النموذج الذي نفذ بالفعل في معظم الجامعات والتجارب التي مارسها الأساتذة قامت على مبدأ واحد وهو الانتخاب المباشر الحر من أوسع قاعدة ممكنة من الأساتذة وأعضاء هيئة التدريس والمعاونين وممثلين عن العاملين وعن الطلاب، مؤيدا هذا المبدأ. وأضاف أنه ليس من حق الدولة أن تضع ضوابط لتعيين عمداء الكليات ورؤساء الجامعات، مشيرا إلى أن الاختيار من المفترض أن يكون للأغلبية خصوصا وأنهم من مجتمع الجامعة أي من المثقفين ومن أكثر الناس قدرة على الاختيار – على حد قول د. البحراوي - وقال إنه "لا ينبغي للدولة أن تتدخل بأي شكل من الأشكال في اختيار القيادات الجامعية، وإنما تقر ما تم اختياره من قبل هيئة التدريس." وشدد على ضرورة تغيير قانون تنظيم الجامعات رقم 54 بالكامل وليس الاكتفاء بتعديله فقط، موضحا أنه لابد من قانون جديد يوضح كيفية اختيار القيادات بالجامعة والصلاحيات المعطاة لكل قيادة جامعية. وقال د. سيد البحراوي إن "الأساس الذي يحكم كل شيء هو مجالس الأقسام"، موضحا أنها الهيئة العلمية المختصة التي ينبغي أن يكون قرارها نهائيا ومستقلا. كما يجب أن يكون لكل جامعة ولكل قسم ميزانية مستقلة لا يتدخل فيها إلا الجهاز الرقابي، مشددا كذلك على ضرورة استقلال اتحاد الطلاب ونقابات العاملين بالجامعة ونقابات هيئة التدريس. وأضاف أن هذه المطالب أبلغ بها وزير التعليم العالي د. عمرو سلامة بشكل رسمي، متهما الوزير بالتسويف على مدى 3 أشهر، موضحا أن ما أعلن عنه بشأن تعديل قانون الجامعات وإخلاء المناصب القيادية بالجامعة اعتبارا من الأول من أغسطس/ آب 2011 هو مجرد مشروع قانون ولا يكون قانونا إلا باعتماد المجلس العسكري وهو ما لم يحدث بعد. من جهته، اعتبر رئيس لجنة التعليم بمجلس الشورى السابق ورئيس جامعة القاهرة سابقا الدكتور فاروق إسماعيل – والمنتخب عميدا لكلية الهندسة لدورتين من 1989 إلى 1993 - أن إلغاء انتخابات العمداء في عام 1994 كانت سقطة وغلطة كبيرة ارتكبتها الدولة؛ لأن الانتخابات تفرز عناصر جيدة تعبر عن آمال أعضاء هيئة التدريس. وقال د. إسماعيل إنه طلب من وزير التعليم العالي د.عمرو سلامة - في اجتماع رسمي بحضور لواءين من المجلس العسكري وممثلين من الجامعات الحكومية والخاصة - أن يعيد النص الذي كان موجودا بانتخاب العمداء، ويصدر به قانون من المجلس الأعلى للقوات المسلحة؛ فرد عليه بأن القانون سيعدل، وأضاف أن "4 أشهر ضاعت في هذا الموضوع ولا نزال مكاننا." من ناحية أخرى، انتقد د. فاروق إسماعيل قرار إخلاء القيادات الجامعية لمناصبهم بدءا من أول أغسطس؛ لأنه – حسب رأيه - قرار اتخذ في غيبة من الضوابط التي ستطبق في المرحلة المقبلة، وتساءل "كيف تخلى مناصب قيادية قبل أن نعرف ماذا سنفعل بعد ذلك؟!"، معتبرا أن فرصة جيدة كانت متاحة لانتخاب عمداء الكليات تم فقدها في هذه المرحلة الدقيقة التي يرتفع فيها سقف المتطلبات والطموحات. في الوقت نفسه، أشار د. إسماعيل إلى حق عميد الكلية في تعيين الوكيل. وقال إن "وكيل الكلية لا ينتخب لكن يعينه عميد الكلية، ويكون هذا حق مشروع للعميد"، مقترحا أن يرشح العمداء لرئيس الجامعة أسماء لمناصب الوكلاء يختار من بينها رئيس الجامعة من يعينه، مبررا ذلك بعلاقة الزمالة بين العميد والوكيل التي لو شابها خلل ستسوء. ورغم تأييده لفكرة الانتخاب إلا أنه يرى ضرورة أن تكون بضوابط محددة خصوصا بالنسبة لرؤساء الجامعات الحكومية، حيث قال د. فاروق إسماعيل إن الانتخاب الحر بشكل مطلق قد يفرز عناصر غير قادرة على الإدارة. وأضاف أن انتخاب رؤساء الجامعات لابد أن يقتصر على أعضاء مجلس الجامعة (أي من العمداء ونواب رؤساء الجامعات) وإذا كان هناك رغبة في التوسيع فيتم ضم الوكلاء، وألا يمتد الانتخاب للمعيدين والمدرسين المساعدين، موضحا أن وظيفة المعيد والمساعد غير دائمة خلافا لأعضاء مجلس الجامعة، معتبرا أن هذا حل وسط بين التعيين بالصيغة الحالية وبين ما ينادي به البعض بالانتخاب الحر. وأعرب د. إسماعيل عن حزنه لصدور قرار بإبعاد القيادات الجامعية في غياب الضوابط التي يتم على أساسها اختيار القيادات الجديدة المطلوب أن تلبي رغبات واحتياجات مجتمع الجامعة.