محاكمة القرن تشهد احتكاكات بين القضاء من جهة ومحاميي المجني عليهم من جهة أخرى، تلك الاحتكاكات بلغت ذروتها باتهام القضاء بأنه "موجّه" و"منحاز"، وهو ما دللوا عليه بمنع بعضهم من حضور الجلسات والتضييق علي من حضر، وعدم إعطائهم فرصة مماثلة لفرصة دفاع المتهمين لإثبات وجودهم، قام" الدستور الأصلي" برصد هذه الاتهامات. "عصام سلطان" رئيس حزب الوسط وعضو هيئة الدفاع عن المجني عليهم، أعرب عن اعتراضه على آداء القضاء، مشيراً إلى أن طريقة التعامل معهم إذا ما تمت مقارنتها بالمعاملة التي يلقاها محامو المتهمين تؤكد أن الأمر متعمد، وتظهر انحياز القضاء للرئيس السابق ضد مصالح أسر الشهداء. "سلطان" أضاف أن المدعين بالحق المدني يسعون حالياً لاستصدار قراراً من النقابة العامة بمقاطعة حضور الجلسات القادمة حال استمرار الوضع على ما هو عليه، وهو ما يترتب عليه بطلان المحاكمة قانوناً، لأنه لا يصح انعقاد المحكمة في غياب دفاع أي من طرفي النزاع. أما "محمد قدري"، أحد محامي أسر الشهداء، قال ل"الدستور الأصلي" أن انحياز المحكمة للرئيس المخلوع ونجليه ووزير داخليته ومساعديه المتهمين بقتل المتظاهرين، يظهر بوضوح في إعطاء دفاعهم الفرصة الكاملة في التحدث للمحكمة وعرض مطالبهم، بينما أسقطت هذه الحق عن محاميي المجني عليهم، وحاولت التضييق عليهم وتعمدت إظهارهم بصورة سيئة أمام الرأي العام. ورداً على تلك الاتهامات، الدكتور "محمود السقا" - أستاذ القانون - أكد أن هذا الكلام عار تماماً عن الصحة، وأن أعظم ما في مصر هو القضاء، وأن الدائرة التي يتم نظر القضية أمامها من أكثر الدوائر نزاهة، مشيراً إلى أن المحكمة كانت حازمة والتزمت إعطاء كل ذي حق حقه. "السقا" أضاف أن المشكلة ليست في القضاء بقدر ما هي في دفاع المجني عليهم الذين لم يؤدوا واجبهم بالصورة اللائقة، حيث ظهروا بلا تنسيق و بلا ثقة، وهو ما أعطى شعوراً بأنهم سيقدموا دفاعاً مبتوراً، بما يخالف الدستور وقانون الاجراءات الجنائية، اللذان ينصان على وجوب تقديم محامي الجنايات دفاعاً حقيقياً وليس شكلياً. من جانبه، المستشار "محمود الخضيري"، نائب رئيس محكمة النقض سابقاً وأحد المدعين بالحق المدني، قال أن هذا اتهام القضاء أمر غير صحيح إطلاقاً، وأن المحكمة لم يظهر منها ما يدل على صحة هذا الاتهام، مشيراً إلى أن المحكمة حتى الآن محايدة للغاية، ولا يظهر منها الإنحياز لأي طرف، على عكس ما يتم تمريره للرأي العام.
