شهدت مباريات الأهلي مع الأندية النيجيرية في بطولات أفريقيا المختلفة تفوقا تاريخيا للفريق الأحمر بعد أن لعب الفريق أمام أندية نيجيريا 19 مباراة فاز في تسع مباريات وخسر في 4 مباريات وتعادل في ست مباريات ولم يسبق للأهلي أن خسر أمام أي ناد نيجيري في القاهرة. وبدأ الأهلي مبارياته أمام أندية نيجيريا عام 1982 أمام اينوجو رينجرز. وخسر في الذهاب بنيجيريا بهدف مقابل لا شيء وفاز في مباراة العودة بأربعة أهداف مقابل لا شيء. ولعب الأهلي مع ليفتنتس في نهائي بطولة أفريقيا أبطال الكئوس عام 1985 وفاز في القاهرة بهدفين مقابل لا شيء وخسر في مباراة العودة بنيجيريا بهدف نظيف وتوج باللقب. وواجه الفريق الأحمر فريق الكانيمي في نصف نهائي أبطال الكئوس عام 1993 وفاز بالقاهرة بثلاثية نظيفة قبل أن يتعادل سلبيا في مباراة العودة بنيجيريا ولعب مع شوتنج ستارز عام 1999 في دور الثمانية. وفاز في نيجيريا بثلاثة أهداف مقابل هدفين وأحرز أهداف الأهلي أحمد بلال وشادي محمد ومحمد جودة وفاز في مباراة الإياب بالقاهرة بأربعة أهداف مقابل هدف وأحرز الأهداف علي ماهر وهادي خشبة وأحمد بلال وهشام حنفي. كما التقي في الموسم التالي مع لوبي ستارز في دور الثمانية لدوري أبطال أفريقيا وفاز في القاهرة بثلاثة أهداف مقابل هدف وأحرز للأهلي علي ماهر وعلاء إبراهيم وإبراهيم سعيد. وفاز بطل نيجيريا بنفس النتيجة في مباراة العودة وأحرز للأهلي علي ماهر. واصطدم الأهلي مع اينوجو رينجرز في دور الثمانية لبطولة كأس الاتحاد الأفريقي عام 2003 وفاز الفريق النيجيري علي أرضه برباعية نظيفة ثم تعادلاً في القاهرة بدون أهداف. وعادت المواجهة النيجيرية عام 2005 وهذه المرة عندما التقي الفريق الأحمر مع إنيمبا في دور الثمانية وفاز الأهلي بنيجيريا بهدف مقابل لاشيء لعماد متعب قبل أن يفوز بالقاهرة بهدفين مقابل هدف وأحرز هدفي الفريق أسامة حسني. وتكررت نفس المواجهة أمام انيمبا في نصف نهائي دوري أبطال أفريقيا عام 2008 وتعادل سلبيا بنيجيريا قبل أن يفوز الأهلي بالقاهرة بهدف نظيف لامادو فلافيو. ولعب الأهلي مع كانو بيلارز في دور ال16 من دوري أبطال أفريقيا عام 2009 وتعادلا في نيجيريا بهدف لكل منهما وتعادلا في القاهرة بهدفين لكل منهما ليودع الاهلي البطولة. اما آخر مواجهة للأهلي مع أندية نيجيريا فكانت في الجولة الأولي هذا العام في دوري المجموعات أمام هارتلاند وتعادل بهدف لكل منهما وأحرز هدف الأهلي محمد أبوتريكة من ضربة جزاء.