تساءل الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف ردا على بابا الفاتيكان بنديكتوس السادس عشر ودعوته لحماية الأقباط فى مصر :" لماذا لم يطالب البابا بحماية المسلمين عندما تعرضوا لأعمال قتل فى العراق وغيرها " ، واصفا هذه الدعوة بأنها تدخل "غير مقبول" فى شئون البلاد ، ومنتقدا التعامل بنظرة غير متساوية للمسلمين والمسيحيين جراء مايحدث فى العالم من أعمال قتل لهم. وكانت دعوة الفاتيكان جاءت عقب الهجوم الذي استهدف كنيسة القديسين بالإسكندرية في شمال مصر ليلة الجمعة السبت ما أدى إلى مقتل 21 شخصا، وإصابة العشرات وأعلن شيخ الأزهر عن إطلاق مشروع بيت العائلة المصرية (لجنة من الأزهر والكنيسة فى مصر) وتضم علماء الدين الإسلامى والمسيحى والعقلاء من الجانبين لتكون صوتا واحدا للأزهر والكنيسة وتركز على سماحة الإسلام والمسيحية وتعمل على إزالة أى أسباب مفتعلة للاحتقان والتوتر من الطرفين . وقال الطيب فى المؤتمر الصحفى إن هذه اللجنة التى من المقرر بدء العمل بإجراءاتها التنفيذية خلال أسبوعين ستناقش كل ما يتعلق بالمسلمين والمسيحيين وأى أسباب للتوتر وتقترح الحلول المناسبة لها وترفعها إلى أولى الأمر للتعامل معها ووضع الحلول المناسبة لها. وأضاف أن هذه اللجنة ستزيل أى أسباب للاحتقان والتوتر التى يتلقفها المتربصون بمصر لإثارة الفتنة الطائفية الغريبة على المجتمع المصرى منذ قديم الزمن، حيث لم تشهد مصر منذ زمن بعيد أية فتنة طائفية . وأكد الدكتور الطيب أنه تم التشاور مع الكنيسة المصرية لإطلاق هذا المشروع وأنه سيكون بمثابة صوت للأزهر والكنيسة وسيلتقى المختصين من الجانبين أسبوعيا لبحث أية قضايا تتعلق بالجانبين . وكان شيخ الازهر قد أكد أن حادث كنيسة الاسكندرية محرم شرعا لأن الإسلام أوجب على المسلمين حماية الكنائس كما يحمون المساجد. وقال: "ان هذا العمل الإجرامي الأثيم الذي استهدف مواطنين أبرياء يستعدون لاستقبال عام جديد لا يمكن أن يصدر من مسلم يعرف دينه وأن الإسلام والمسلمين منه براء". واضاف شيخ الازهر ان المستهدفين بهذا العمل ليسوا هم المسيحيون وحدهم، بل المستهدفون هم المصريون جميعا، وأن الذي يضرب الكنيسة يضرب المسجد. وأعرب عن اقتناعه التام بأن الذين يقفون وراء هذا العمل الأثيم إنما يريدون ضرب الوحدة الوطنية والتماسك الاجتماعي والأمن القومي لمصر، تنفيذا لمخططات خبيثة تعمل على زعزعة الاستقرار والأمن وإثارة الفتن الطائفية والمذهبية في المنطقة كلها. وأهاب شيخ الازهر المصريين جميعا أن يرتفعوا فوق آلامهم، وأن يدركوا أن اليد المجرمة التي امتدت بالعدوان ليست يدا مصرية وأن الإخاء الذي جمعهم على مدى القرون لا يمكن أن يؤثر فيه عمل مجرم جبان ارتكبه أعداء الوطن والأمة. وحول اقتراح أداء صلاة جماعية تضم المسلمين والمسيحيين يوم عيد الميلاد أوضح شيخ الأزهر أننا نريد مشاركة حقيقية تؤتى ثمارها ولاتكون وسيلة لإثارة الفتن من جديد .
