ورد اسم الدكتور حسين خالد وزير التعليم العالى في العديد من مخالفات الجهاز المركزي للمحاسبات حيث انه فى ظل قيامه باعمال رئيس جامعه القاهرة اتهمته ادارة الجامعة بارسالة تقارير عن اسماء المرشحين في انتخابات العمداء لجهاز الامن الوطني ، وكشف تقرير عن إهداره 7ملايين جنيه بمركز التعليم المفتوح بجامعة القاهرة ، وعن مكافآت خيالية لإدارة الجامعة قبل وبعد الثورة في ظل اللائحة المالية والإدارية التي اعتمدها الدكتور حسام كامل رئيس الجامعة الحالي والدكتور عوض عباس مدير مركز التعليم المفتوح المستقيل دون أخذ موافقة وزارة المالية لتسهيل صرف المكافآت لأعضاء الإدارة العليا بالجامعة . فقد حصل الدكتور حسين خالد علي مبلغ130000وذلك من 2009حتي 11/8/2010تحت بند مكافاه الفائض المالي للميزانيه كما حصل علي مبلغ 68,608وذلك من 22/10/2009حتي11/1/2011تحت بند مكافاه تسجيل وحصل علي مكافاه تحفيزيه قدرها 31,088في الفتره ما بين 19/1/2010 حتي 18/7/2010هذا بالاضافه الي حصوله علي مكافاه شهريه تقدر ب 9000 شهريا بصفته عضو مجلس اداره بمركز التعليم المفتوح ويذكر في هذا الشان ان الماده الثالثه من لائحه المركز والمعتمده من الماليه تنص علي ان يتولي اداره المركز مجلس اداره لمده عاميين وتنص الماده الخامسه من نفس اللائحه ان رئيس المركز يقترح المكافات مقابل حضور جلسات مجلس اداره واللجان وبدل سفر وليس مقابل عضويه مجلس الاداره. والجدير بالذكر ان تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات اشار لما يلي:- ان الماده 13من اللائحه الخاصه بمركز التعليم المفتوح والمعتمده من الماليه برقم صادر 535 بتاريخ 30/4/2003تنص علي ان تشمل النفقات السنويه للمركز علي الاجور والمصروفات الجاريه والمصروفات الاستثماريه
