تعيش جامعة بورسعيد فترة من أصعب الفترات التي مرت عليها منذ إنشائها وبعد انفصالها عن جامعة قناة السويس، فهناك صراعات وشكاوى ومنافسات على مقاعد الجامعة بعد أن خلت معظم المناصب. اشتد الصراع، وشهدت الجامعة مناوشات ومظاهرات في فترة تولى الإخواني الدكتور عماد عبد الجليل وتعيين الدكتور عاطف علم الدين قائما بأعمال الرئيس والذي انتهت ولايته في 30 يوليو الماضي واختيار الدكتور علاء حامد عميد كلية التربية الرياضية قائما بأعمال الرئيس – بصفة مؤقتة - لحين اختيار رئيس للجامعة من بين 14 عضو هيئة تدريس تقدموا بأوراق ترشحهم للمنصب ورغم اختيار رؤساء للجامعات المصرية إلا أن الوضع مازال محيرا في جامعة بورسعيد والذي مازال منصب رئيسها خاليا – بصفة رسمية. وتعيش الجامعة حاليا فوق صفيح ساخن بسبب طول المدة والتي أدت لصراعات جديدة وصلت الشكاوى فيها لمكتب المهندس إبراهيم محلب رئيس مجلس الوزراء والدكتور السيد عبد الخالق وزير التعليم العالي بعد أن أصبحت الجامعة خالية المناصب في مقعد رئيس الجامعة وأيضا عدم وجود عمداء ل 10 كليات هي التربية والهندسة والعلوم والطب والآداب والصيدلة ورياض الأطفال والتمريض والمعهد العالي للإدارة والحاسب الآلي بالإضافة لكلية التربية الرياضية والتي يشغل رئيسها إدارة شئون رئاسة الجامعة بشكل مؤقت، وكلها يشغلها قائم بأعمال ولم يتبقى من كليات الجامعة إلا كليتا التربية النوعية والتجارة ، في الوقت الذي لا يوجد بالجامعة نائبا لرئيس الجامعة لشئون الطلاب ونائبا لشئون البيئة ويتبقى فقط نائب الرئيس للدراسات العليا ، أما الأعمال الإدارية فقد خلت جميع مناصب الجامعة الإدارية من رؤسائها. ويرد على ذلك الدكتور علاء حامد القائم بأعمال رئيس الجامعة قائلا : كلفت بأعمال الرئيس في 4أغسطس الماضي بصفة مؤقتة لحين اختيار رئيس للجامعة من بين 14 تقدموا للمنصب ولكن حتى الآن لم يتم اختيار أحد ، وفراغ الكليات من العمداء والجامعة من القيادات ليس وليد اليوم وكلفت بالعمل وكانت معظم المناصب خالية وقانون تعيين القيادات الجامعية ينص على تشكيل لجنة لمقابلة الراغبين في الترشح وعرض مشروعات على اللجنة المشكلة لرفع 3 أسماء على الرئاسة واختيار أحدهم وهذا ينطبق على الرئيس والعمداء ، أما المناصب الخالية في إدارات الجامعة فقد أعلنا عن مسابقة لاختيار مديري العموم طبقا للاحتياجات وتقدم العديد عليها ومقابلة اللجنة وهى مكونة من 5 أفراد لتقييم كل حالة على حدة وحتى الآن لم نعلن الأسماء وسوف تعقد اللجنة اجتماعا لاختيار من تنطبق عليه الشروط وأنا أحاول إنقاذ ما يمكن إنقاذه .. في الوقت الذي رفع فيه عدد من أساتذة الجامعة مذكرات للمسئولين في الدولة كشفوا فيها الصراعات داخل الجامعة والتي أوشكت الأوضاع فيها على الانهيار بعد تفرغ القيادات على تبادل الاتهامات من أجل السيطرة على الجامعة وكل طرف من الأطراف يحشد مؤيديه للضرب تحت الحزام في الطرف الآخر والخاسر في النهاية هو جامعة بورسعيد.