شهدت بعض كنائس المحافظات، أبشع عمليات التخريب والحرق من أنصار تنظيم الإخوان في مصر مما تسبب فى ذعر الأقباط. وأوضحت بعض التقارير أن محافظة المنيا سجلت أعلى الخسائر للأقباط من استهداف كنائسهم وحرقها فى 3 مراكز هى المنيا ودير مواس وبنى مزار. كما تم مهاجمة وتدمير ونهب وحرق ما يزيد على 20 منزلاً ملك للأقباط ورصدت "بوابة الوفد" آراء بعض الأقباط فيما يخص الخسائر الفادحة فى الممتلكات العامة والخاصة. قال البابا أنطونيوس ذكري اسقف كنيسة السيدة العذراء بمنطقة بين السرايات إن ما حدث للأقباط فى مصر من اعتداء على كنائس وممتلكات عامة وخاصة مثله كباقى ممتلكات الدولة من المستشفيات وأقسام الشرطة وما أراد "الاخوانجية" إلا حرق مصر واشاعة الفتن والفوضى العارمة بذريعة توجيه رسالة للغرب أن يأتوا بالتدخل لحماية الأقباط. وأضاف البابا أن الإخوان وما أثاروه من فتنة "زوبعة فى فنجان" وأن مصر هى الباقية ومهما حاول الحاقدين حرقها فستبقى مصر فوق الجميع، وأشار معارضاً إلى أنه لاصحة لما يتردد حول أن الأقباط يطالبون بالتدخل الأجنبى قائلاً إن البابا تواضروس لم يوافق على إقامة لجان شعبية من المسلمين أو من المسيحيين، مشددا على أن الدم المصرى حرام وكلنا إخوة مسيحىين ومسلمين. ومن جهة أخرى أكد البابا أنه يرفض وبشدة أى تدخل أجنبى يحث على الفتنة الطائفية وإشعال النيران والخراب بشوارع مصر. قال ناروز جرجس أحد العاملين بالكنيسة، "إننا لانخشى من اعمال البلطجة وإثارة الشغب التى تقوم بها جماعات الإرهاب الإخوانية وأننا لانخشى غير الله "الرب راعى فلا يعوذنى شىء" "وان كان الله معنا فمن علينا" مضيفا أننا تواجدنا بالميدان يوم 30يوليو2013 لتفويض الجيش ضد الإرهاب. وأشارت مسئولة الاستقبال بكنيسة العذراء: إلى أن هدم الكنائس من هدم مصر مؤكدة شعورها بالألم والأسى تجاه ماحدث للكنائس وممتلكات الاقباط والدولة، موضحة أن الكنائس هى التى تدفع دوما الثمن متمنية ذوال تلك الأزمة من مصر الحبيبة.
