تستعد جامعة عين شمس لإطلاق خطتها الاستراتيجية الثانية للفترة من سبتمبر 2012 الى يونيو 2017، والتي تسعى من خلالها لتطوير أدائها لتحتل مكانة مرموقة ومتميزة عربيًا وإقليميًا وعالميًا. أكد الدكتور على عبد العزيز على نائب رئيس الجامعة لشئون الدراسات العليا والبحوث أن الخطة الثانية للجامعة تناولت الاتجاهات المؤثرة في الجامعة، والتحديات التي يجب على الجامعة تجاوزها، وعوامل بناء الجامعة المتميزة، وتشخيص الأداء الحالي للجامعة وفقًا للمعايير المتعارف عليها من حيث المخرجات والمدخلات. وقد نتج عن الدراسة التشخيصية أهداف استراتيجية تدعم رسالة ورؤية جامعة، وتم الاتفاق على الأهداف والمبادرات الاستراتيجية التى سوف يكون لها دور ملموس في مساعدة الجامعة لتحقيق رسالتها ورؤيتها . ومن الأهداف الاستراتيجية التى تضمنتها الخطة تحقيق الريادة فى تقديم تعليم مميز، وإنتاج بحوث إبداعية تخدم المجتمع وتسهم في بناء اقتصاد المعرفة، وتحقيق تقدم في التصنيفات العالمية عن طريق تطوير الأداء فى الجامعة بأكملها، وتحقيق التميز في مجالات أكاديمية محددة بحثياً وتعليمياً . هذا بالإضافة إلى بناء جسور التواصل داخل الجامعة وخارجها مع الجامعات والمؤسسات التنموية المحلية والعالمية، وبناء نموذج إداري يدعم رؤية الجامعة ورسالتها .