حالة من الرفض والاستنكار سادت القوى الإسلامية بعد ظهور وثائق منسوبة للكنيسة تحث الأقباط على التصويت لصالح تحالفات وأحزاب معينة، مثل الحرية والعدالة والمصريين الأحرار وبعض المرشحين من الشخصيات العامة. فى البداية، استنكر المهندس عاصم عبد الماجد، المتحدث باسم الجماعة الإسلامية ما فعلته الكنيسة من مطالبتها للأقباط الإدلاء بأصواتهم لقائمة بعينها. وأكد أن هذا الفعل يجرمه العلمانيون بحجة خلط الدين بالسياسة، واستخدام الدين فى الدعاية، مشيرا إلى أن الإسلاميين يخوضون الانتخابات أما الكنيسة فهى لم تنزل فى قوائم وليس لها حزب، لكنها توجه الأقباط لصالح أشخاص بأعينهم أو ائتلافات أو أحزاب . وتابع قوله "الكنيسة تطالب رعاياها بإعطاء قائمتى العين ونفرتيتى، وهى بذلك تؤذى القائمتين، لأنها بذلك تؤكد اعتقادا أنها قوائم مسيحية، ولذلك سيتوجه المسلمون للقوائم الإسلامية كالنور والحرية والعدالة". وتساءل عبد الماجد، قائلا "لماذا يطالب البابا الأقباط بإعطاء أصوات لقائمتى العين ونفرتيتى؟، فى حين لا يطالب شيخ الأزهر أو المفتى المسلمين بإعطاء أصواتهم للنور أو الحرية والعدالة ؟ ". من جانبه، أكد د. خالد سعيد المتحدث باسم الجبهة السلفية أن القوائم تكرس الطائفية والتفرقة بين المصريين، مضيفا أن لدى الكنيسة عقيدة الكهنوت في تأثير القساوسة وتوجيههم للأقباط في التصويت في العملية الانتخابية لأشخاص بعينهم دون غيرهم . واستنكر سعيد ما يتردد من أقاويل بأن الإسلاميين يتكسبون بالدين، قائلا:"السياسة جزء من ديننا الحنيف ومن يقول ذلك فعيب عليه أن يكون رجل سياسة ومش فاهم دينه كويس". وأضاف سعيد ل"بوابة الوفد": "ليس لدينا كهنوت أو طاعة عمياء للمشايخ مثلما يحدث في الكنيسة ولكن مشايخنا يتركون لنا الحرية في الاجتهاد في شئون الدنيا ولا يوجهوننا لمن نصوت ولمن لا نصوت ولكن نحن نخالفهم في أمور كثيرة وآخرها نزولنا لميدان التحرير بعض رفض الهيئة الشرعية للإصلاح نزولنا".