وصف البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية التطبيع مع إسرائيل بأنه »خطأ« وقال »إن زيارة القدس بهدف العمل جائزة«. وأضاف البابا في عظته الأولي لعام 2011، بعد عودته من رحلة علاجية بالولايات المتحدةالامريكية والتي شهدت حضوراً أمنياً مكثفاً، وحضور آلاف الاقباط »أن الكنيسة لم تطلب طوال تاريخها حماية من الملوك، لافتاً إلي أنه رد علي كتاب »الكنيسة والدولة« في مجلة الكرازة. جدد البابا شنودة رفضه ل »الإجهاض« وقال إن الطفل روح لا يجوز قتلها، وقد يكون سببا لرزق الأسرة. واعترض البابا علي امكانية تناول الاسرة المقدسة في كنائس الروم الأرثوذوكس، معربا عن إباحة التناول في الكنائس الأرثوذكسية الشرقية القبطية والسيريانية والأرمنية والأثيوبية، والاريترية، باعتبار توافقها مع العقائد والطقوس في الكنيسة الأرثوذكسية. وشهدت عظة البابا الأولي في العام الجديد هتافات تأييد ل »البابا« من الاقباط ووجه البابا خلاله التهنئة للشعب القبطي بمناسبة »عيد الغطاس«. في سياق متصل - يستقبل البابا شنودة الثالث بعد غد الأحد »رئيس وزراء المجر« ورئيس لبنان الاسبق أمين الجميل بالمقر البابوي في اطار زيارتهما لمصر. وقال مصدر كنسي مطلع ل »الوفد« إن الزيارة تأتي في اطار تقديم التعزية في ضحايا حادث كنيسة القديسين، والاطمئنان علي »البابا« نظراً للعلاقات الطيبة التي تجمع بينهما وبين »البطريرك«.