انتقد حقوقيون ونشطاء التعديل التشريعى على قانون الإجراءات الجنائية الذى أصدره الرئيس المعين من قبل الانقلاب، والذى يحرر محكمتي النقض والجنايات من التقيد بمدة محددة للحبس الاحتياطي للمتهم في الجرائم التي تكون عقوبتها الإعدام أو السجن المؤبد، واعتبروا أن هذا التعديل جعل من الحبس الاحتياطي عقوبة مقنعة. وقال محمد زراع، رئيس المنظمة العربية للإصلاح الجنائي: إن تعديل قانون بهذا الشكل يتناقض مع حقوق الإنسان، موضحًا أن أي توسع في تمديد مدة الحبس الاحتياطي يعد انتقاصًا من العدالة التي يعتبر التقاضي وسرعة الإجراءات جزء منها. وأضاف زراع "ليس من المعقول القبض على المتهم، وإعطائه عقوبة مدى الحياة بالحبس الاحتياطي لمجرد الإدانة وقبل إثبات التهمة"، بحسب ما نقلت عنه "مصر العربية". وأعرب عن قلقه من أن يكون القانون الغرض منه التنكيل ببعض المتهمين الذين يتم القبض عليهم أو يتم محاكمتهم الآن، مؤكدًا رفضه التام للتعديل القانونى. من جانبه اعتبر أحمد سيف الإسلام، مدير مركز هشام مبارك للقانون، أن هذا التعديل التشريعي يجعل من الحبس الاحتياطي "عقوبة مقنعة"، مؤكدًا أن القانون يعد تراجع للوراء عقب النجاح في تحديد مدة الحبس الاحتياطي ألا تزيد عن سنتين، فجاء هذا القانون ليقضى على هذا النجاح. وبدوره أدان جمال عيد، مدير الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، مد الحبس الاحتياطي دون حد أقصى، قائلاً: إن القانون "سيصبح سيفًا مسلطًا على كل الرقاب"، على حد قوله، حتى بعد الانتهاء مما وصفه ب"خطر الإخوان". فيما اعتبر أحمد منصور، المحامي، أن إطلاق الحبس الاحتياطي وإن كانت على عقوبة معينة تعسف في حد ذاته، قائلاً: "إن الغرض الآن في هذه المرحلة هو تطويع القانون". وكان وزير العدل، عادل عبد الحميد، قد أعد مشروع قانون بإلغاء القيود التي قررتها المادة 143 من قانون الإجراءات الجنائية علي الحبس الاحتياطي، حيث قام بتعديل نص الفقرة الأخيرة من المادة ليمنح الحق للمحاكم المصرية بعدم التقيد بسقف زمني محدد للحبس الاحتياطي إذا كان حكم أول درجة صادرًا بالإعدام أو السجن المؤبد، الأمر الذي يبيح استخدام الحبس الاحتياطي كعقاب للمتهم دون أن تثبت إدانته وتكون العقوبة واجبة النفاذ في حقه وهو ما يخل بضمانات المحاكمة العادلة ويخل بالمبادئ القانونية بأن المتهم بريء حتى تثبت إدانته، والذي تم إقراره اليوم من قبل الرئيس المؤقت عدلى منصور.