رغم إعلان تقدمها وتحقيقها لمكاسب عديدة، وهو ما نفته التقارير الرسمية للقناة نفسها، كشفت بيانات الموازنة العامة للدولة، أن هيئة قناة السويس، قد أدرجت مبلغ 5.6 مليارات جنيه من إيرادتها هذا العام، كفوائد ربوية لأصحاب شهادات استثمار قناة السويس. وكشفت البيانات أيضًا، أن نظام الانقلاب يهدر أيضًا، 439 مليون جنيه على الفوائد البنكية للقرض الخاص بالتفريعة. وقال مراقبون، إن نظام الانقلاب يبدد إيرادات قناة السويس على دفع فاتورة مرتفعة للفوائد الربوية لتفريعة السيسى، رغم تراجع الإيرادات، مؤكدين أن إصرار النظام على فائدة سنوية 12%، يتم احتسابها من اليوم التالي لشراء شهادات الاستثمار، فئات 10 و100 و1000 جنيه ومضاعفتها، مخالف لكل الأعراف الاقتصادية، فضلا عن التعامل الربوى. وكانت حكومة الانقلاب قد أعلنت، فى سبتمبر 2014، عن طرح شهادات استثمار "قناة السويس" في 4 بنوك حكومية، لاستخدام حصيلتها في تمويل مشروع تعميق مجرى القناة وحفر تفريعتها الجديدة. وجمعت حكومة الانقلاب64 مليار جنيه من المواطنين، وتم صرف أول عائد للمستثمرين في ديسمبر 2014. وشهدت إيرادات هيئة قناة السويس تراجعا منذ بداية العام في شهري يناير وفبراير، قبل أن ترتفع في مارس بنحو 11.8% مقارنة بالشهر السابق، لتصل إلى 3.477 مليار جنيه. وتحصل قناة السويس إيراداتها بالدولار، وجرت العادة على أن تعلنها بالدولار، إلا أنها حجبت إيراداتها بالدولار منذ بداية العام، واقتصرت على إعلانها بالجنيه.