حذر أمين عام مجمع البحوث الإسلامية، من الآثار السلبية للاستفتاء الشعبي على حظر بناء مآذن المساجد، الذي تعتزم سويسرا تنظيمه نهاية الشهر الجاري. ورفض الشيخ على عبد الباقي، الدعوة التى يروجها بعض الأحزاب السويسرية اليمينية المتشددة، بأن المآذن :"تهدد الأمن والسلم الاجتماعي ولا تتناسب مع القيم الديمقراطية والليبرالية التى تتمتع بها سويسرا". وكان الأمين العام للمجمع، قد التقى بوفد سويسري ونقل إليهم تلك الرؤى وأوضح لهم الشعائر الطيبة التى يدعو إليها الإسلام ووضع المساجد فى الإسلام ووضع المآذن كشعيرة إسلامية.
واعتبر عبدالباقى، هدم المآذن أو حظر بنائها بالمساجد إهانة تسيء إلى مشاعر المسلمين، رافضاً اعتبار بناء مآذن مصاحبة لبعض جوامع أو مساجد المسلمين بأنه تهديد للثقافة والخصوصيات، سواء السويسرية أو غيرها، وأوضح أن هذا التوجه الفكري يضر بجهود الحوار والتفاهم بين المسلمين والغرب وبين الحضارات الغربية والشرقية وبمحاولات القضاء على الإرهاب. وأعرب عن أمله فى أن يتخذ الشعب السويسري القرار الصحيح بالتأكيد على رفض أي علاقة بين بناء المآذن بالمساجد و:"نشر الكراهية أو الإضرار بالخصوصية السويسرية، خاصة أن سويسرا دولة حياد ونزاهة وديمقراطية وحقوق الإنسان".