اتفق المسلمون على أن اعتذار بابا الفاتيكان بنديكت السادس عشر عن تصريحاته المسيئة للإسلام وللنبي الكريم (محمد) صلى الله عليه وسلم لا تكفي وطالبوا من خلال مظاهرات شعبية ومطالب رسمية البابا بالتراجع عن أفكاره المعادية للإسلام نهائيا ومحاولة تعلمه لأن تصريحاته أفرزت أنه جاهل بما يحويه الدين الإسلامي من تعاليم تدعو للسلم والمؤاخاة. فقد تصاعدت ردود الفعل الغاضبة في العالم الإسلامي ضد تصريحات بابا الفاتيكان بنديكت السادس عشر المسيئة للإسلام والرسول الكريم "صلى الله عليه وسلم" حيث طالب علماء مسلمون ومتظاهرون بطرد سفراء الفاتيكان من الدول العربية والإسلامية، فيما قالت مصادر إيطالية: إن "صقور الفاتيكان وعلى رأسهم الكاردينال الألماني فالتر كاسبير هم من أعدوا الخطاب الذي ألقاه البابا بالجامعة الألمانية من أجل إقناع الكاثوليكيين والعالم المسيحي بأن جمهورية الفاتيكان تعيش نفس الهموم التي يعيشها المسيحيون عبر العالم وأن موقفها من الإسلام واضح ومخالف للبابا الراحل يوحنا بولس الثاني.
فقد طالب رئيس الوزراء الماليزي عبد الله أحمد بدوي البابا بتقديم اعتذارات عن تصريحاته، ودعا الفاتيكان لتحمل المسؤولية الكاملة عن هذه القضية واتخاذ الإجراءات اللازمة لتصحيح الخطأ.
ومن جانبه طالب مجلس العلاقات الإسلامية الأميركية (كير) وهو أكبر منظمات الحقوق المدنية المسلمة الأميركية، بابا الفاتيكان بالاعتذار عن تصريحاته. كما طالب كير بعقد لقاء مع ممثل الفاتيكان بالعاصمة الأميركية واشنطن لمناقشة تصريحات البابا.
وأكد المجلس ضرورة الحفاظ على جهود الحوار والتواصل التي ساندها بابا الفاتيكان الراحل يوحنا بولس الثاني، وحذر من انزلاق الفاتيكان تحت قيادته الجديدة في دوامة الحروب الثقافية التي تغذيها أقليات غربية علمانية وأخرى دينية نشطة بالغرب وبأميركا والتي تصور الإسلام على أنه عدو ديني وسياسي جديد.
كما حث المجلس المسلمين على ضبط النفس وتجنب اللجوء إلى ردود الأفعال الغاضبة أو العنيفة والتي لا تعود على صورة الإسلام عبر العالم بأي مردود إيجابي.
ومن جهتها أدانت حركة طالبان الأفغانية تصريحات البابا، وأدان الناطق الرسمي باسم الحركة محمد حنيف لتصريحات البابا، وقال حنيف إنها جرحت مشاعر المسلمين وأثبتت مجددا أن الحرب الدائرة حرب صليبية ضد المسلمين والعالم الإسلامي.
وفي القاهرة طالب متظاهرون غاضبون عقب صلاة الجمعة بالأزهر بطرد سفراء الفاتيكان من كافة الدول العربية والإسلامية, ومنع البابا من زيارة أي بلد عربي, ما لم يقدر اعتذارا صريحا عن إساءته إلى الإسلام والرسول الكريم.
أما في العراق فقد استنكر أئمة مساجد العرب السنة خلال خطب الجمعة "تطاول" بنديكت السادس عشر على الإسلام والنبي محمد مطالبين الدول الإسلامية بطرد سفراء الفاتيكان ،ودعا الشيخ محمود العيساوي إمام مسجد عبد القادر الكيلاني الدول الإسلامية بطرد سفير الفاتيكان وعدم التهاون مع أمر كهذا, معتبرا أن تلك التصريحات تطاول على المسلمين.
كما رأت هيئة علماء المسلمين بالعراق في خطاب البابا "إساءة كبيرة لمشاعر المسلمين ويتضمن من حيث شعر البابا أو لم يشعر تحريضا على الإرهاب بحقهم من قبل مؤسسة دينية عالمية تعلن دائما أنها تدعم السلام".
واستنكرت الجماعة الإسلامية المصرية تصريحات بابا الفاتيكان التى تطاول فيها على الإسلام ؛ وقالت إن هذه التصريحات تدعو إلى العنصرية، كما أنها تشعل فتيل التعصب في العالم كله ودعت الجماعة الإسلامية بابا الفاتيكان إلى الاعتذار للإسلام والمسلمين .
وفي ألمانيا أكد رئيس المجلس الأعلى للمسلمين أيمن مازيك إنه يجد من الصعب للغاية تصديق أن بابا الفاتيكان يرى فارقا بين الإسلام والمسيحية بشأن موقفهما من العنف.
كما طلب الأمين العام لاتحاد المنظمات الإسلامية في فرنسا فؤاد علاوي من البابا تقديم اعتذار, قائلا إنه تم ارتكاب خطأ ولابد من تصحيحه. وأقر البرلمان الباكستاني بمجلسيه اليوم الجمعة قرارا يندد بتصريحات البابا بنديكت السادس عشر التي اعتبر أنها تمثل "ازدراء" بالإسلام وطالب بسحبها.
وفي الجزائر دانت جمعية العلماء المسلمين تصريحات البابا وقالت إنها "تتعارض مع نهج سلفه (البابا يوحنا بولس الثاني) الذي دأب على الدعوة إلى التقارب والحوار بين الأديان والحضارات".
ودعت الجمعية الدول المسلمة إلى استدعاء سفرائها لدى الفاتيكان إن لم تصدر اعتذارات رسمية عن تلك التصريحات ، كما دعا مسلمون في أوروبا رأس الكنيسة الكاثوليكية إلى تقديم توضيحات واعتذارات لتصريحاته التي أشار فيها ضمنا إلى وجود رابط بين الإسلام والعنف.
هذا في الوقت الذي قال فيه رئيس الوزراء الماليزي السابق محاضر محمد إنه صدم من الانتقادات للنبي الكريم محمد عليه الصلاة والسلام التي اقتبسها البابا من مقولة الإمبراطور مانويل الثاني. وانتقد في محاضرة بعنوان "صدام الحضارات" في إسلام آباد السياسة الخارجية الأمريكية والإسرائيلية, قائلا إن الدين الإسلامي يدعو المسلمين إلى الدفاع عن أنفسهم, مفندا ما جاء على لسان البابا من أن الإسلام انتشر بالعنف وبقوة السيف. وفي طرابلس أدانت الهيئة العامة للأوقاف الليبية تصريحات البابا, معتبرة أن التوجه الجديد للفاتيكان "يفتح آفاق العداوة ويعرض السلام العالمي للخطر".
وطالبت الدول الخليجية البابا باعتذارات شخصية بشأن تصريحاته "التي أساءت للإسلام والرسول الكريم محمد صلى الله عليه وسلم". وجاء في بيان صدر عن الأمانة العامة لمجلس التعاون الخليجي أن "عملية الاقتباس الانتقائي الأحادي الجانب التي وردت في حديث بابا الفاتيكان تعبر عن عدم وعي واقتناع، ولذا فإن مجرد التوضيح الصادر عن الفاتيكان لا يكفي".
وقال رئيس مجلس شورى حزب جبهة العمل الإسلامي الأردني الشيخ حمزة منصور إن اعتذارا شخصيا من البابا هو فقط السبيل لإصلاح الإهانة العميقة التي لحقت بأكثر من مليار مسلم.
وفي إندونيسيا قال رئيس قسم الفتوى في مجلس علماء إندونيسيا معروف أمين، إن تصريحات البابا غير لائقة وتعبر عن موقف غير تسامحي.