اصدر الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريركى قرارا بتعيين الأنبا بيشوى،سكرتير امجمع المقدس و مطران كفر الشيخ ودمياط مديرا لمعهد الدراسات القبطية مع الاحتفاظ بالدكتور أنطون يعقوب عميدا للمعهد .ويعتبر الانبا بيشوي من ابرز المرشحين للخلافة البابا شنودة الثالث علي كرسي بطريك الاسكندرية والكرازة المقرسيةوكان البابا الراحل الأنبا شنودة الثالث بابا الكنيسة والكرازة المرقسية يشغل منصب عميد الكلية الاكليريكية.