اتهم الشيخ نبيل نعيم، القيادي الجهادي البارز، الرئيس المعزول محمد مرسي بالضلوع في حبس محمد بديع خمس سنوات من المحكمة العسكرية في القضية رقم 99/18 جنايات عسكرية عام 99، فيما عرف وقتها بقضية النقابيين، مشيًرا إلى أن مرسي سلم أحد القيادات الأمنية تسجيلا بالصوت والصورة لبديع عضو مكتب الإرشاد حينذاك مما أدى لإدانته. وتابع في تصريحات خاصة ل"البوابة نيوز" اليوم الأحد إن مرسي كان مرتبطًا بصلات وثيقة جدًا مع جهاز مباحث أمن الدولة إبان عهد مبارك، وكان ينقل معلومات شديدة الأهمية للجهاز الأمني حول الجماعة بل إنه كان مرتبطا بصداقات شخصية مع مسئولي ملف الإخوان بالجهاز خصوصا خلال الفترة التي سبقت التفاهمات بين نظام مبارك والجماعة خلال انتخابات 2005 التي حصلت فيها الجماعة على 88 مقعدًا. ونبه إلى أن ما يتردد حاليًا عن صلات ربطت شخصيات بارزة في الجماعة بجهاز الأمن يؤكد أن الجماعة كانت مخترقة بشدة وكانت صفحة مكشوفة للأجهزة وليست محصنة ضد الاختراق كما كان يزعم الإخوان وأنصارهم، حيث كانوا يستبعدون هذا الأمر بالمقارنة بجماعات إسلامية أخرى.