فى ميدان التحرير وأثناء ثورة 25 يناير، ظهرت «السلفية الجهادية» برايتها السوداء خلف مسجد عمر مكرم، كان من بين هؤلاء محمد خليل، الذى ظهر فى بداية الأمر كأحد قادة السلفية الجهادية الذى يلتف حوله عدد لا بأس به من الأنصار، وبعد إعلان الرئيس الأسبق حسنى مبارك عن تنحيه دبت الخلافات بين «خليل» وغالبية الفصائل الجهادية، بعد أن صرح بوجوب تكفير المجتمع الذى يرتضى الحكم بغير ما أنزل الله على العموم، دون تفصيل فى ذلك. طار بعدها «خليل» إلى السودان ومعه أتباعه وأقام هناك فى مكان غير معلوم، وبدأ فى إصدار سلسلة من التسجيلات الصوتية التى بدأها برواية قصته مع والدته التى قال إنها هاتفته بعد سفره إلى السودان، وأخبرته أنها غير مهتمة بقضية التكفير، طالما أنها تشهد أن لا إله إلا الله وتصلى وتصوم وتؤدى الزكاة إلى أن تلقى الله. ويُعرب «خليل» فى تسجيله أن ما قالته «والدته» قد أساءه كثيراً، ولذلك فهو يؤكد لها أن صلاتها وزكاتها وحجها لن تنفعها، لأنها «كافرة»، و«أبوجهل» كان يحج ويتصدق وكان من وجهاء القوم وكان فيه بقية من دين «إبراهيم»، لكنه كان من «الطواغيت» الذين يدعون إلى عبادة الأصنام، ولذا فلن تنفعها تلك العبادة، وأما طاغوت العصر فهو القوانين الوضعية التى تتحاكم إلى غير شرع الله، وأن كل من يرتضى ذلك ويسكت عليه فهو خادم للطاغوت. بعدها، أفتى بتكفير معظم قيادات «السلفية الجهادية» فى مصر بسبب ما أرجعه إلى أن هذه القيادات لا تكفّر المجتمعات التى ترضى بتطبيق غير شرع الله. واعتبر أن رموز الدعوة السلفية الجهادية «كفار»، ومنهم محمد الظواهرى ومرجان سالم الجوهرى وداود خيرت وأبوعياض التونسى وهانى السباعى وطارق عبدالحليم وإسماعيل جاد وعمر رفاعى سرور وبعض مشايخ المملكة العربية السعودية كالشيخ عبدالعزيز بن باز وابن عثيمين. من جانبها، أعلنت «السلفية الجهادية» فى مصر الحرب بعدها على «خليل» وأعوانه وأهدر عدد من ناشطى «السلفية الجهادية» دمه، واشتعلت السجالات بين المجموعة التى يقودها «خليل» والمجموعات التى يتزعمها محمد الظواهرى، على صفحات الإنترنت وعلى موقع التواصل الاجتماعى «فيس بوك» بعدما أنشأ «خليل» عدة صفحات لمهاجمة رموز «الجهادية» وتكفيرهم، منها صفحة بعنوان «فضح الطواغيت والمناهج المنحرفة»، وقابلت ذلك المجموعات الجهادية المناوئة لها بإنشاء صفحات بعنوان «فضح الضال الضليل محمد خليل»، التى نشرت صوراً ساخرة مركبة «فوتوشوب» ل«خليل» فى شكل خنزير. وأعلن «خليل»، عن عزمه تشكيل مجموعة جهادية جديدة لاعتباره أن الجهاديين والسلفية الجهادية و«القاعدة» انحرفوا عن ثوابتهم بعد عامين من ثورة يناير، معتبراً أن الرئيس المعزول محمد مرسى حينها «مرتد يجب خلعه وقتاله».
