طالب القمص بيشوي المحرقي راعي كنيسة العذراء مريم بالخارجة بمحافظة الوادي الجديد بإلغاء وزارة الأوقاف التي لا يستفيد منها سوي شريحة معينة. رغم أن الأقباط يدفعون الضرائب دون أي منفعة منها. وأكد أن استمرارها يتنافي مع مباديء المواطنة. جاء ذلك في كلمة ألقاها القمص بيشوي في الاحتفال بعيد الميلاد المجيد. بحضور اللواء طارق مهدي محافظ الوادي الجديد. اقترح القمص بيشوي ضم وزارة الأوقاف الي الأزهر الشريف. مشيراً الي أن الأزهر لن يكتسب قدسية إلا بانفصاله عن الدولة والحكومة. ويكون شيخ الأزهر معيناً من المجمع الإسلامي. أسوة بالكاتدرائية المصرية التي يقوم فيها المجمع المقدس باختيار قداسة البابا. ورد عليه المحافظ بأن هذه كانت رؤية أحد الإسلاميين. وهو مقتنع بها ويؤيدها.