كشف الدكتور خيري عمر، الكاتب والباحث في الشئون السياسية، كواليس اجتماعات مجلس شورى جماعة الإخوان المسلمين في مارس 2012، للدفع بمرشح لرئاسة الجمهورية والذي انتهى بترشيح الدكتور محمد مرسي مع المهندس خيرت الشاطر. وقال "خيري"، في مقال نُشر له بصحيفة "العربي الجديد" بعنوان "الإخوان المسلمون والتعامل مع الأزمات السياسية"، إن القرار تمت مناقشته على مرحلتين، فقد طرح للمرة الأولى على الهيئة العليا لحزب لحرية والعدالة في 16 مارس 2012، وطُرح للمرة الثانية، والتي كانت فيصلية، على مجلس شورى الجماعة، مشيرًا إلى أن مداولات المجلس لم تُنشر حتى الآن. وأكد "خيري"، أن طرح قرار دخول انتخابات الرئاسة، جاء مفاجئًا، وهو الأمر الذي يثير جدلًا كثيرًا بشأن طريقة صنع القرارات الاستراتيجية. وعن القرارات التي لم تُنشر من قبل، قال "خيري" إن مداولات "الشورى" بعد ثلاث جلسات، غير مخططة، انتهت إلى إعلان قرار بتقديم مرشح عن "الإخوان" للانتخابات الرئاسية، وهي مداولات اتسمت بالخصائص التالية: .. بدأت الاجتماعات من دون بيان يوضح الهدف من الاجتماع، أو جدول أعمال، أو عقد مشاورات داخلية بشأن طرح خيار الترشيح، وثمة احتمالات أنه لم يوزع جدول الاجتماع على كل أعضاء مجلس الشورى قبل انعقاد المجلس، وهي احتمالات تظل صحيحة، حتى نشر مداولات المجلس. .. ظلت المداولات مغلقة، ولم يسمح بإعلان بعض مما يدور داخل الاجتماع، سواء لوسائل الإعلام، أو خارج نطاق أعضاء "الشورى"، وخصوصاً من المستويات القيادية. ومن اللافت أنه لم تنشر تلك المداولات حتى هذه اللحظة، لكي يتم التعرف إلى أبعاد القرار، والقوى الدافعة إلى اتخاذه، ومن ثم، فإن هيمنة هذا النمط تكرس حالة اللامؤسسية واحتكار المعلومات في دوائر ضيقة، فيما تحتاج الجماعة لنوع من حرية تداول المعلومات لتوسيع دوائر المشاورات. .. كانت المناقشات مغلقة، فيما أن موضوع التداول يفترض أن يكون علنياً لكي يكتسب الخيار الأفضل شرعيةً وتأييداً داخل الجماعة وخارجها، فقد اعتادت الأحزاب السياسية والشخصيات العامة البدء بالتمهيد لقرار ترشيحها كاستطلاع لرأي المؤيدين والمعارضين، وكانت هناك فرصة أمام "الإخوان" لتقديم نموذج في الانتقال نحو الانفتاح في العمل السياسي واللامركزية. .. صدر إعلان القرار بعد الانتهاء من اجتماع "الشورى" في 31 مارس ، وفي 4 أبريل 2012، في بيان يوضح الأسباب التي دفعت "الإخوان" إلى التفكير في تقديم مرشح، لكنه لم يعرض نتيجة التصويت، سواء تم إجراؤها في كل الجلسات أم اقتصرت على الجلسة الأخيرة، وأعلنت النتيجة بموافقة 56 عضواً مقابل رفض 52، وأثار هذا التقارب القلق حول سلامة اتخاذ قرار بهذا الحجم، في ظل انقسام الرأي واختلاف التقييم السياسي، مشيرًا إلى أنه كان من الأولى، في هذه الحالة، نشر بيان لا يتضمن المناقشات فقط. ولكن، يوضح اتجاهات التصويت الموافقة والمعارضة، فمثل هذه البيانات يمثل الحد الأدنى للشفافية وحرية تداول المعلومات.