أثار قرار وزارة أوقاف، الخاص بإعادة تشكيل مجالس إدارات المساجد على مستوى الجمهورية، ردود فعل غاضبة. وكان مسجد عمرو بن العاص، أول من طبق عليه هذه القرارات، فتم تعيين لواء الجيش وهو، عبد القادر سرحان، رئيسًا لمجلس إدارة مسجد عمرو بن العاص ومستشارا للوزير بدعوى اختيار شخصيات تتناسب مع الفكر الجديد للدولة. جاء هذا القرار عقب منع الداعية الشيخ محمد جبريل من أي عمل داخل المساجد سواء الإمامة أو إلقاء دروس خاصة بعد إن دعا على "الظالمين" في أثناء صلاة التراويح في ليلة القدر في شهر رمضان الماضي. وقال الشيخ سلامة عبدالقوي، وكيل وزارة الأوقاف الأسبق في عهد الرئيس المعزول محمد مرسي، إنه أول من كتب قرار الإطاحة برئيس مجلس إدارة مسجد، عمرو بن العاص، مستشار الوزير الحالي. وكتب عبدالقوي في تغريدة له قائلا: "إعادة تدوير النفايات العسكرية بعد ثورة يناير، كان لي الشرف في كتابة قرار الإطاحة باللواء عبد القادر سرحان وإنهاء العسكرة في وزارة الأوقاف. وأضاف عبدالقوي "بعد أحداث 3 يوليو، تم تعينه رئيسا لمجلس إدارة مسجد عمرو بن العاص ومستشارا للوزير قائلا: "هذا هو الفرق بين الثورة والانقلاب"، حسب قوله. كان الشيخ محمد جبريل، قد دعا خلال صلاة التراويح في مسجد عمرو بن العاص للشهداء والأسرى وأسرهم، وسط إقبال عشرات الآلاف من المصلين مسجد الذين يرددون وراءها. وتعرض جبريل لهجوم من قبل إعلاميين وسياسيين تابعين لنظام 3 يوليو، فاتهمه كل من "احمد موسى ومرتضى منصور " بأنه لسان جماعة الإخوان المسلمين. وأعلن وزارة الأوقاف عقب ذلك بتقديم بلاغا رسميا ضد الشيخ محمد جبريل تتهمه فيه بالتحريض على العنف والإرهاب، وفقا لقانون الإرهاب الجديد وتم منعه من الصلاة مرة أخرى بمسجد عمرو بن العاص مثلما حدث في العام الماضي. وطالبت الوزارة جميع الدول العربية والإسلامية التي تؤيد مصر في حربها على الإرهاب بعدم استضافة جبريل على أرضها أو فتح مساجدها له، كما أنها أرسلت طلبا للتلفزيون الرسمي بمنع إذاعة أي تلاوة له حتى يعتذر عن إساءته لرموز الدولة. وصرح الشيخ عباس شومان وكيل الأزهر بأن الدعاء على الحكام الظالمين والإعلاميين الفاسدين، لا يجوز أن يتم في مساجد المسلمين وخاصة في شهر رمضان الكريم. وهذا ما أدى إلى تغير الفكر ب وزارة الأوقاف بإعادة تشكيل مجالس إدارات المساجد على مستوى الجمهورية؟
