أيمن الظواهري الرجل الثاني في تنظيم القاعدة بعد أسامة بن لادن، حيث تدرج داخل تنظيم القاعدة حتى وصل إلى رئيس التنظيم خلفًا لبن لادن وهو أيضا زعيم تنظيم الجهاد الإسلامي العسكري المحظور في مصر. ولد الظواهري 19 يونيو عام 1951 في القاهرة من عائلة من الطبقة المتوسطة، وعمل كطبيب تخصص جراحة عامة حيث تخرج من كلية الطب جامعة القاهرة عام 1974 وحصل على درجة الماجستير في الجراحة بعد أربع سنوات. عاش الظواهرى في قرية الرزيقات بحرى مركز أرمنت محافظة الأقصر لفترة طويلة استطاع نشر أفكاره خاصة أن معظمها ينتمي للفكر السلفي وجده ربيع الظواهري الذي تقلد منصب شيخ جامع الأزهر. ساعد الظواهري في تأسيس جماعة الجهاد المصرية ويعتقد بعض الخبراء أنه من العناصر الأساسية وراء هجمات 11 سبتمبر 2001 في الولاياتالمتحدة. عمل الظواهري في حركات الإسلام السياسي وهو لا يزال في المدرسة، وقد اعتقل في سن الخامسة عشر، لانضمامه لجماعة الإخوان المسلمين والتحق بجماعة الجهاد الإسلامي المصرية منذ تأسيسها في العام 1973 وفي العام 1981، اعتقل ضمن المتهمين باغتيال الرئيس المصري أنور السادات. وخلال إحدى جلسات المحاكمة، ظهر الظواهري باعتباره متحدثاً باسم المتهمين، لإتقانه اللغة الإنجليزية وقال: «نحن مسلمون نؤمن بديننا ونسعى لإقامة الدولة الإسلامية والمجتمع الإسلامي». برغم براءته في قضية اغتيال السادات، أدين الظواهري بحيازة الأسلحة بصورة غير مشروعة، وحكم عليه بالسجن ثلاث سنوات تعرض فيها للتعذيب من قبل السلطات خلال الفترة التي قضاها في السجن في مصر، وهي التجربة التي يقال إنها حولته إلى التطرف وعقب الإفراج عنه في العام 1985، غادر إلى السعودية. تولى الظواهري قيادة جماعة الجهاد بعد عودتها للظهور في عام 1993 وتم اعتباره الشخصية الرئيسية وراء سلسلة من الهجمات داخل مصر بما فيها محاولة اغتيال رئيس الوزراء عاطف صدقي. تم الحكم بالإعدام على الظواهري عام1999من قبل محكمة عسكرية مصرية لدوره في الكثير من الهجمات في مصر. تولى الظواهري قيادة التنظيم في أعقاب مقتل بن لادن على يد قوات أمريكية في الثاني من مايو عام 2011. ظهر الظواهري في 16 شريطًا مرئيًا وصوتيًا 16 مرة في العام 2007 وهو أربعة أضعاف ظهور بن لادن في العام ذاته. في الثامن من يونيو 2011 م أصدر الظواهري بياناً يحذر فيه الأمريكيين من أن أسامة بن لادن سيستمر في ترويع الولاياتالمتحدة حتى من قبره. ألف الظواهرى العديد من الكتب منها "فرسان تحت راية النبي" و"الإخوان المسلمين في ستين عاما" و"عقيدة منقولة وواقع مفقود" و"قصة تعذيب المسلمين في عهد حسنى مبارك" و"مصر المسلمة بين سياط الجلادين وعمالة الخائنين" و"شفاء صدور المؤمنين". رصدت الحكومة الأمريكية مكافأة تقدر ب 25 مليون دولار لمن يدلي بمعلومات تؤدي إلى القبض على الظواهري.