ارتفاع نسبة النيتروجين في الجو لها مخاطر بيئية جسيمة. فاستخدامه في الأسمدة يمثل خطراً على الصحة، بالإضافة إلى تلويث المياه والتربة بشكل عام. لكن رفع سعر اللحوم قد يشكل محاولة للحد من خطورته. تشكل نسبة النيتروجين في الهواء الذي نتنفسه 78 في المائة. كما أن البروتينات والإنزيمات والحمض النووي لجميع الكائنات تحتوى على النيتروجين. لكن من جهة أخرى، فإن أكسيد النيتروجين الذي ينتج عن احتراق الوقود الأحفوري يتسبب في أضرار هائلة للبيئة. كما أن النيتروجين موجود أيضاً في التربة، ولكن إذا زادت نسبته في السماد، فإن ذلك ستكون له آثار عكسية ويتسبب في أضرار صحية ويلوث المياه، بل وقد يصل الأمر إلى اختفاء أنواع معينة من الكائنات الحية. وجود النترات (أكسيد النيتروجين) في مياه الشرب قد يؤدي إلى زيادة خطر الإصابة بالسرطان. كما أن الخضروات التي تحتوي على النترات، مثل السبانخ والخس، تمثل خطراً صحياً على الأطفال الرضع بالتحديد، لأنه يصعب عليهم إفراز أحماض معوية كافية للحيلولة دون تحول النترات إلى مادة النتريت السامة. هذا ويؤثر أكسيد النيتروجين الناتج عن عملية احتراق الوقود سلباً على الجهاز التنفسي ويسبب مشاكل في الدورة الدموية، بالإضافة إلى أن استخدام النيتروجين في الأسمدة يؤدي إلى نمو الطحالب بكثافة وعدم تصريف المياه، ما يعني موت النباتات المائية . فقلة الأكسجين في المياه وارتفاع سلفيد الهيدروجين يقضي على الأسماك والنباتات. وتعد من أصعب المشاكل استخدام النيتروجين في الثروة الحيوانية. فنسبة المراعي في تناقص مستمر، وسط زيادة الإقبال على شراء اللحوم، وهو ما يدفع بدوره المزارعين إلى الاعتماد على أعلاف تحتوي على النيتروجين، توجد آثارها في مخلفات الحيوانات، التي يعاد استخدامها مجدداً كأسمدة. وكنتيجة لذلك، ارتفعت أصوات طالبت مؤخراً برفع أسعار اللحوم للتقليل من نسبة شرائها، خاصة في الدول الغربية. والصناعية، خاصة وأن المواطنين يستهلكون كميات كبيرة من اللحوم أعلى بكثير من النسبة التي حددتها منظمة الصحة العالمية.
