ضربت الانشقاقات حركة "6 أبريل"، وكان أحدثها إعلان شباب الحركة بالبحيرة انشقاقهم على الحركة والانضمام إلى الجبهة الديموقراطية بقيادة عمرو عز أحد مؤسسي الحركة، في مواجهة الجبهة الأخرى التي يقودها أحمد ماهر المنسق العام للحركة، في استمرار للأزمة التي تعاني منها الحركة التي أبصرت النور للمرة الأولى في عام 2008. فقد أعلن مجموعة من أعضاء الحركة بالبحيرة في بيان انفصالهم التام عن جبهة أحمد ماهر، مرجعين ذلك إلى غياب الشفافية والديموقراطية والتمييز الواضح بين داخل الحركة وتغليب المصالح الفردية لبعض الاشخاص على النهج العام للحركة، بالاضافة إلى عدم إجراء انتخابات داخلية، الأمر الذي جعل الحركة بيد مجموعة معينة من الصفوة الذين تتحكم بهم المصلحة الشخصية، وساروا في نهج غير نهج الحركة منذ بدايتها. وأضافوا أنهم حاولوا كثيرا لإصلاح ذلك الكيان دون جدوى من تحقيق الإصلاحات، مؤكدين حرصهم على النأي بأنفسهم عن أي صراعات قد تعرقلهم عن العمل من أجل مصر، وقالوا إنهم قرروا العمل ككيان مستقل باسم "الجبهة الديموقراطية"، وإعادة هيكلة الحركة من خلال التقسيم إلى 8 لجان لحين إجراء الانتخابات الجديدة في موعد أقصاه 30 يوما. وأسس المنشقون صفحة جديدة على موقع التواصل الاجتماعي "فيسبوك" باسم حركة "شباب 6 أبريل الجبهة الديموقراطية"، مؤكدين عدم قبول تمويل مالي خارجي سواء من حكومات أو من اشخاص أو منظمات حكومية أو غير حكومية، وأن المصدر الوحيد لتمويل الحركة هو اشتراكات الأعضاء فقط. على الجانب الآخر، وضعت "جبهة أحمد ماهر" انشقاق المجموعة في إطار ما وصفته ب "مخطط قذر لتفكيك وتشويه وتدمير الحركة بتخطيط من بعض الأجهزة الأمنية والسيادية واستبدال القوى الشبابية التى كان لها دور في الثوره بقوى شبابيه أخرى جديدة تتجاهل الأهداف الحقيقية للثورة". واعتبرت أن هذا الأمر يستهدف "ضرب الحركة وتفكيكها وتشويه صورتها بالشارع المصري وليس لها وجود في أرض الواقع, فظهور هؤلاء الافراد المجهولين الذين يتحدثون تار عن تمويل خارجي ويتحدثون تارة أخرى عن انشقاقات وتكوين جبهات ويتحدثون تارة أخرى عن تكوين جناح مسلح باسم حركة 6 ابريل". ونأت جبهة أحمد ماهر بالمجموعات التي انشقت على الحركة منذ ثورة 25 يناير ووصفتها ب "المشبوهة"، وقالت إنه "بعد ثورة 25 يناير ظهرت مجموعات مشبوهة تحت اسم حركة "6 أبريل الجبهة الديمقراطية" أو "حزب 6 أبريل" وظهرت مؤخرا مجموعات تسمى "الجناح المسلح لحركة 6 أبريل التابع للجبهة الديمقراطية, وجميعها لمجموعات مجهولة ليست لها أى علاقه بحركة شباب 6 أبريل الأصلية التى نشأت منذ إضراب 6 أبريل 2008 الشهير". ويعكس هذا عمق الأزمات التي تضرب الحركة التي واجهت خلال الفترة الأخيرة انتقادات على نطاق واسع، واتهمها المجلس الأعلى للقوات المسلحة بمحاولة إفساد العلاقة بين الجيش والشعب والحصول على تمويل من الخارج والتدريب بصربيا. وبخلاف انشقاق مجموعة البحيرة، أُعلن عن ظهور جبهة جديدة لها بالإسكندرية، لكن مجموعة أحمد ماهر- المتهمة من المنشقين باختطاف الحركة- نفت تعرضها لانشقاقات، وقالت إن الحركة الأصلية موجودة بجميع المحافظات ولا تعاني من أي انشقاقات، وليس لها علاقه بكل الحركات والجبهات "المزيفه" التي تظهر. وقالت إن "مؤسسي حركة شباب 6 أبريل معروفون منذ 2008 وليس بينهم قادة هذه الجبهات الديمقراطيه المزيفه أو الأجنحة المسلحة"، وأوضحت أن "البيان رقم 69 للمجلس العسكرى استغل مزاعم هذه المجموعات المجهولة والمخربة للتحريض ضد حركة شباب 6 أبريل الأصلية".
