لم تمر على تشكيل جبهة مكافحة الإرهاب التي تضم عددًا من الأحزاب السياسية المؤيدين ل "خارطة الطريق" سوى عدة أيام، حتى ضربتها موجة من الخلافات الأحزاب المنضوية فيها. إذ اعترضت أحزاب "الجبهة المصرية" التي تضم أحزاب "المؤتمر" و"الحركة الوطنية" و"مصر بلدي" و"التجمع"، بعد انضمام حزب "الدستور"، وقررت الانسحاب. واعتذرت أحزاب "الجبهة المصرية" لأعضاء جبهة مكافحة الإرهاب على عدم استكمال طريقها معهم، مؤكدة أن قرراها نابع من اعتراضها على عدد من الأحزاب والشخصيات التي تم دعوتها لاجتماع "الجبهة الوطنية لمواجهة الإرهاب". وفي مقدمة هؤلاء الذين اعترضت عليهم: الدكتورة هالة شكر الله رئيس حزب الدستور وخالد داود المتحدث باسم الحزب، والناشط شادي الغزالي حرب وآخرون ممن اعتبرتهم الجبهة المصرية أنهم كانوا على اتصال بجماعة "الإخوان المسلمين". وقال حزب "التجمع"، إن الجبهة فقدت صلتها بمحاربة الإرهاب لضمها أحزاب وشخصيات تدعم الإرهاب. وأكد نبيل زكي، القيادي بحزب "التجمع"، وعضو تحالف الجبهة المصرية، أن ممثلي حزب "الدستور" رفضوا خلال الاجتماع الأول للجبهة القانون الذي أصدره الرئيس عبدالفتاح السيسي بمشاركة القوات المسلحة في حماية المنشآت العامة واعتبارها في حكم المنشآت العسكرية، وهو ما اعتبره يأتي على خلاف موقف باقي أعضاء الجبهة المؤيدين لمحاكمة العناصر التي تتعدى على المنشآت والمرافق الحيوية بالدولة عسكريًا. وقال ناجى الشهابي، رئيس حزب "الجيل"، إن "الجبهة المصرية لمكافحة الإرهاب" تضم أحزاب وشخصيات وصفها ب "الطابور الخامس وأصحاب أجندات أجنبية ممولة من الخارج ولا يمكنها مواجهة الإرهاب". واعتبر أن "تشكيل الجبهة الهدف منه حل الأحزاب لمشاكلها وأزماتها داخل الشارع المصرى وزيادة شعبيتها. ودشن عدد من رؤساء الأحزاب المدنية جبهة لمكافحة الإرهاب فى اجتماع عقد بمقر حزب الوفد بحضور الدكتور السيد البدوي والدكتور محمد أبو الغار رئيس الحزب المصري الديمقراطي الاجتماعى والمهندس نجيب ساويرس مؤسس حزب المصريين الأحرار وسامح عاشور نقيب المحامين ورئيس الحزب الناصري. كما حضر أيضا الدكتور أسامة الغزالي حرب رئيس مجلس أمناء حزب المصريين الأحرار والدكتور يحيى الجمل نائب رئيس الوزراء الأسبق والدكتور عمرو الشوبكي والدكتورة هالة شكر الله رئيس حزب الدستور والمهندس محمد سامي رئيس حزب الكرامة والمستشار بهاء الدين أبو شقة سكرتير عام حزب الوفد وشادي الغزالي حرب وعمرو عزت سلامة وزير التعليم الأسبق والمهندس شريف حمودة أمين عام حزب المحافظين والمهندس حسام الخولى سكرتير عام مساعد حزب الوفد وصفوت عمران أمين تكتل القوى الثورية والمستشار بهجت الحسامى المتحدث الرسمى باسم حزب الوفد.