فى أول تأكيد للظهور العلنى لمؤسسات الجماعة بعد ثورة 25 يناير وعقد إجتماعاتها دون خوف من التعرض لهجوم أمنى , وجه الدكتور محمود حسين الأمين العام لجماعة الإخوان المسلمين الدعوة لأعضاء مجلس الشورى العام للانعقاد الطارئ يومي الجمعة والسبت الموافق 29 ، 30 من إبريل 2011م وذلك فى المركز العام الجديد للجماعة فى المقطم , وأكد أمين عام الإخوان أنه سيعقب إنتهاء إجتماعات مجلس الشورى عقد مؤتمر صحفي سيعلن فيه التوصيات التى توصل إليها الإعضاء فى مناقشاتهم , وأعلن محمود حسين عن أن الإخوان سيفتتحون اليوم السبت رسميا المركز العام للجماعة فى المقطم ليكون المقر الرئيسى لجماعة الإخوان المسلمين , ويأتى إجتماع مجلس شورى الإخوان بعد 16 عام من آخر إجتماع له عام 1995 حيث تعرضت الجماعة بعدها لأول ضربة موجهة لها من نظام حسنى مبارك ردا على هذه الخطوة وتم إحالة عدد كبير من قيادات الجماعة لأول محاكمة عسكرية فى عهد مبارك وكان من بين المحالين لهذه المحاكمة المرشد السابق للجماعة محمد مهدى عاكف ونائب المرشد المهندس خيرت الشاطر , وقد اكد الدكتور محمد جمال حشمت عضو مجلس شورى الإخوان ل"المصريون" أنه من المقرر أن يناقش أعضاء مجلس الشورى الشكل النهائى لبرنامج حزب الحرية والعدالة ولوائحه وإقرارها , كما سيتم إستعراض أسماء هيئة مؤسسى الحزب , بالإضافة لحسم مسألة علاقة حزب الحرية والعدالة بجماعة الإخوان فى ضوء المطالبات الداعية لفصل الحزب عن الجماعة ومنحه الإستقلال التام فى الحركة على الساحة السياسية , أما الدكتور محمد حبيب النائب السابق للمرشد وعضو مجلس الشورى العام فقد أكد أنه لن يشارك فى إجتماعات مجلس الشورى , وقال أنه إستقال من عضوية المجلس إلا انه لم يقم بتسليم نص الإستقالة مكتوب وبصفة رسمية لأى جهة أو شخص فى الجماعة , وقال أن هذا الأمر " يرجع لأسباب عندى " , وقال حبيب أنه قرر أن يكون فردا عاديا بين الإخوان ليتفرغ للعمل فى خدمة الجماعة والإسلام ومصر , كما نفى أى توجه من جانبه للإنضمام لحزب الحرية والعدالة أو أى حزب إسلامى آخر , وقال أنه قرر أن يكون مرجعية فكرية وسياسية للجماعة والقوى السياسية والوطنية , وأعرب عن أمله فى أن يقوم بدور رئيسى ومهم وفاعل بين هذه القوى لصالح مصر ولتحقيق أهداف ثورة 25 يناير , الجدير بالذكر ان مجلس شورى الإخوان يتكون من 109 عضو وسيعقد إجتماعه القادم مكتملا بحضور جميع أعضائه بعد خروج جميع قيادات الجماعة من السجن بعد الثورة وعلى رأسهم المهندس خيرت الشاطر , ويعتبر مجلس شورى الإخوان هو السلطة التشريعية الأعلى والمرجعية الأولى لجميع قرارات وتحركات الجماعة ، اما مكتب الإرشاد الذى يضم 18 عضو فهو الجهة التنفيذية أو الحكومة التى تتولى إدارة الشأن الإخوانى .
