قامت وزارة النقل والمواصلات بإصدار قرار طالبت من خلاله هيئة السكة الحديد وشركات المترو بغلق الخطوط كافة تحسبًا لوقوع أى اشتباكات، وقد قامت الوزارة بالتعاون مع وزارة الداخلية بعمل خطة أمنية لمنع التعدي على أى قطار. وأكد سيد عيسى مدير التشغيل للمسافات الطويلة بهيئة السكة الحديد أنه سيتم تشكيل لجان من العاملين فى الهيئة بالتنسيق مع شرطة النقل والمواصلات لتأمين المحطات والقطارات والمنشآت التابعة للهيئة فى المحافظات كافة، لافتًا إلى استمرار توقف حركة القطارات بين القاهرة ومحافظات الوجهين القبلى والبحرى لليوم السادس عشر على التوالى لدواعى الأمن والسلامة، مع استمرار وجود قوات شرطة النقل والمواصلات فى المحطات للتأمين والتصدى لأى أعمال شغب وتخريب محتملة. وأضاف عيسى أنه في حالة استمرار الأوضاع كما هي فسيتم توقف حركة القطارات ليوم الأحد في حالة نشوب أى اشتباكات، مؤكدًا أن الهيئة أصدرت بيانًا جاء فيه "أنه نظرًا لتوقف حركة القطارات لدواع أمنية ولحين بداية تشغيلها يرجى من جمهور المسافرين حاملي تذاكر السفر والتي لم يتم السفر بها التوجه إلى مكاتب التذاكر بالهيئة لرد قيمتها أو استبدالها بحجز آخر بناءً على رغبتهم، وأشار إلى توافر السيولة المالية اللازمة لاسترداد قيمة التذاكر الخاصة بالمواطنين وأنه من المنتظر استئناف تشغيل جميع خطوط السكك الحديدية خلال الأيام القادمة بناء على تعليمات الجهات الأمنية. وأشار إلى أن خسائر الهيئة خلال مدة التوقف التي قاربت أسبوعين عقب فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة في 14 أغسطس الماضي حرصًا على حياة الركاب والمنشآت بلغت نحو 50 مليون جنيه. وفى سياق متصل قررت الشركة المصرية لإدارة وتشغيل مترو الأنفاق إغلاق خطوط المترو الثلاثة، اليوم، في حال تصاعد الأحداث وتعرض أي من الركاب أو العاملين أو القطارات للخطر خلال التظاهرات التي أعلنت عنها جماعة "الإخوان" تحت اسم «جمعة استرداد ثورة مصر»، مع استمرار غلق محطتي "الجيزة " و"السادات" لدواعٍ أمنية، فيما تتوقف حركة قطارات السكة الحديد على خطوط الوجهين القبلي والبحري لليوم ال16 على التوالى.
وأشارت الشركة إلى أنه تم تعديل مواعيد التشغيل لتتوقف حركة القطارات تمامًا بالخطوط الثلاثة فى السابعة مساء تطبيقًا لمواعيد حظر التجوال، على أن يتحرك آخر قطار من المحطات النهائية فى الخط الأول الساعة الخامسة و50 دقيقة، ويتحرك آخر قطار فى المحطات النهائية بالخط الثانى السادسة مساء، مع تخفيض عدد القطارات تدريجيًا من الساعة الرابعة والنصف وتخزينها بالورش، مشيرًا إلى استمرار غلق محطتى «السادات» و«الجيزة» لدواعٍ أمنية.
