فى الخامس والعشرين من نوفمبر من العام 1994م، هاجم بعض المتمردين الذين دعمتهم موسكو، العاصمة جروزنى بالدبابات والأسلحة الثقيلة، إلا أنهم تحت وطأة المقاومة اضطروا للانسحاب بعد يوم واحد فقط، وفى التاسع والعشرين من نوفمبر، دعا الرئيس الروسى فى ذاك الحين "بوريس يلتسين"، دعا الرئيس الشيشانى جوهر دوداييف لترك السلاح خلال 48 ساعة وإلا فإنه سيعلن حالة الطوارئ فى الشيشان، كما قامت الطائرات الروسية بقصف جروزني. وفى 30 نوفمبر شنت القوات الجوية الروسية غارات جوية على العاصمة الشيشانية، التى تم إخلاؤها من النساء والأطفال، وفى 10 ديسمبر 1994م، أعلنت روسيا إغلاق المجال الجوى والحدود الشيشانية. وفى مثل هذا اليوم من عام 1994 دخلت القوات الروسية أراضى الشيشان، ودارت معاركٌ طاحنةٌ دفعت المدنيين إلى اللجوء إلى المناطق المجاورة وخاصة جمهورية أنجوشيا، وفى شهر فبراير من العام 1995م بدأ المقاتلون الشيشان إخلاء العاصمة جروزني. وفى 14 يونيه 1995م، قامت مجموعة من المقاتلين الشيشان بقيادة شامل باساييف بهجومٍ على بلدة بودونوفسكى التابعة لمدينة ستافروبول الروسية الواقعة على بعد 70 كيلومترًا شمال الشيشان، حيث احتلوا المستشفى الموجود فى البلدة واحتجزوا المئات من الرهائن الروس، وطالب بوقف عمليات القوات الروسية وانسحابها من الشيشان. وفى أواخر يوليو من العام 1995م، وقعت اتفاقية بين الهيئات العسكرية من الجانبين تنص على أن روسيا ستسحب جنودها من الشيشان، فى مقابل تسليم المقاتلين الشيشان أسلحتهم، فيما عدا المستخدمة فى الأغراض الدفاعية. تبع ذلك معارك متقطعة تمكنت خلالها الوحدات التابعة للرئيس الشيشانى جوهر دوداييف من الاستيلاء على إدارة جودرميس، ثانى أكبر مدن الجمهورية، فى 25 أغسطس من ذلك العام، وظلت فى حوزة دوداييف وقواته، حتى 20 ديسمبر، حيث استولى الروس على المدينة بعد حصارها وقتل المئات من المقاتلين الشيشان، تبع ذلك فى التاسع من يناير 1996م، قيام مجموعة مسلحة كانت تعرف باسم "الذئب الوحيد" تحت قيادة القائد سلمان روداييف بالهجوم على كزليار وأسر المئات كرهائنٍ. وفى 21 إبريل 1996م، تمكنت القوات الروسية من اغتيال الرئيس الشيشانى جوهر دوداييف، ثم تولى مكانه سليم خان يندرباييف، وبقى رئيسًا حتى انتخاب أصلان مسخادوف رئيسًا فى يناير من العام 1997م. ورغم مقتل دوداييف، استطاع المقاتلون الشيشان استعادة السيطرة على جروزنى فى أغسطس 1996م، مما أكسب الشيشان تعاطف المجتمع الدولى فى حينها، وبفعل الموقف الميداني، وموقف الرأى العام العالمي، قامت موسكو باتخاذ قرارٍ بوقف الحرب، وهو قرار نادر للغاية فى تاريخ الروس، وقامت موسكو بالتوقيع على اتفاقية مع القيادات الشيشانية فى 31 أغسطس 1996م، ووقعها عن الشيشان سليم خان يندرباييف، وعن روسيا الجنرال ألكسندر ليبيد، ونصت على وقف القتال، وخروج الروس من الشيشان، وإجراء استفتاءٍ فى الجمهورية الإسلامية فى 31 ديسمبر 2001م لتقرير المصير. وفى 28 يناير 1997م، أعلن عن فوز أصلان مسخادوف برئاسة الجمهورية بأغلبية 68,9% من أصوات الناخبين، وتولى مسخادوف الرئاسة رسمياً فى 12 فبراير 1997م، ووقع الرئيس الجديد والرئيس الروسى يلتسين معاهدة سلام فى 12 مايو 1997م، وتنص على بناء علاقات بين الطرفين وفق قواعد القانون الدولي، وكان ذلك بمثابة اعتراف روسى ضمنى بأن الشيشان دولة مستقلة، وبعد توقيع المعاهدة صارت الشيشان تتصرف تصرف الدولة المستقلة فعلاً، وصار العالم يعاملها وكأنها دولة مستقلة.
