أمر المستشار عبد المجيد محمود، النائب العام، بتشكيل فريق من نيابة استئناف أسيوط ونيابة شمال أسيوط الكلية برئاسة المستشار عبد المجيد محمود النائب العام، بالانتقال والمعاينة وسماع أقوال المصابين والشهود العيان، وشمل فريق النيابة قرابة 40 من رؤساء ووكلاء النيابات انتقلوا إلى مسرح الكارثة، وعاينوا القطار والأتوبيس المحطم وآثار الحادث الذي امتد على مسافة تجاوزت الكيلو متر. وكشفت تحقيقات ومعاينة النيابة أن القطار رقم 165 والقادم من أسيوط للقاهرة اصطدم بمنتصف الأتوبيس تمامًا، ودفعه أمامه مسافة كبيرة وأنه حطم الأتوبيس وحوله إلى قطع صغيرة، وأن دماء التلاميذ وأشلائهم التصقت بمقدمة وعجلات القطار. وكشفت المعاينة أن الحادث حول التلاميذ الضحايا إلى أشلاء صغيرة وعثرت النيابة وبعض الأهالى على رؤوس بعض التلاميذ وأيدي مبتورة وسيقان ممزقة أسفل العربة الأولى وفي جرار القطار. وبدأت النيابة التحقيق مع عامل مزلقان قرية المندرة، وتبين من التحريات أنه كان نائمًا داخل غرفة خاصة به، ولم يغلق المزلقان في لحظة قدوم القطار، وكان من المقرر أن يغلق المزلقان قبل وصول القطار بعشر دقائق. وأمرت النيابة بضبط وإحضار عامل الإشارة في القرية التي تسبق قرية المندرة، لبيان ما إذا كان اتصل بعامل مزلقان المندرة من عدمه ليخطره بقدوم القطار رقم 165. كما أمرت بتشكيل لجنة من أساتذة كلية الهندسة وكلفتهم بفحص القطار والأتوبيس وإعداد تقرير كامل وتقديمه للنيابة العامة. من ناحيتهم، أكد المصابون في تحقيقات النيابة أنهم كانوا داخل الأتوبيس وأن السائق وجد المزلقان مفتوحًا، وأثناء عبوره شريط السكة الحديد وقع التصادم. وأضافوا إحنا محسناش بحاجة خالص، سمعنا صراخ وصوت خبط بس، ولقينا ناس اتجمعت ونقلتنا في عربيات إسعاف للمستشفيات. وكشفت التقارير الطبية التي تلقتها النيابة عن حالات الوفيات أنه حدثت نتيجة هبوط حاد وتهتك جميع أجهزة الجسم وتحويلها إلى أشلاء صغيرة. وصرحت النيابة بدفن جثامين 48 ضحية تعرف عليهم الأهالي، وجار التعرف على جثتين مجهولتين بعد تحولهما إلى أشلاء ولم يتعرف عليهما أيا من أسر الضحايا. كما استمعت النيابة إلى أقوال شهود عيان من المقيمين بجوار مسرح الكارثة وقالوا إنهم سمعوا ارتطامًا شديدًا. وأكد أحدهم أنه شاهد الحادث من بدايته، وأن المزلقان كان مفتوحًا أمام الأتوبيس، وقررت النيابة التحفظ على سائق القطار رقم 165 لبيان مسئوليته عن الحادث واستجوابه وقررت القبض على جميع أفراد الشرطة المقرر تواجدهم بالمزلقان ومتابعة حركة القطارات هناك. وأوضح سائق القطار لأجهزة الأمن أنه كان في طريقه وبسرعته العادية، وأنه لم يجد إشارات أو اتصالات تتعلق بمطالبته بالتوقف. وأضاف أنه وجد الأتوبيس فجأة أمامه ولم يستطع التصرف، وأن وقوفه المفاجئ كان سيحمل كارثة أخرى، وهي انقلاب القطار وإصابة ومصرع المئات، وأنه دفع الأتوبيس أمامه وهو يصرخ أثناء سماعه صرخات من بداخل الأتوبيس.
