أكد أحد شهود العيان أنه حوالى الساعة السابعة صباحًا، أثناء عبور أتوبيس معهد النور الأزهرى ببنى عدى لمزلقان السكة الحديد فى طريقه للمعهد، اصطدم القطار رقم" 165" بالأتوبيس ودفعه لمسافة، الأمر الذى أدى إلى ارتفاع عدد الوفيات وإصابة باقى ركاب الأتوبيس من الأطفال. وقد انتقل الدكتور يحيى كشك، محافظ أسيوط، واللواء أبو القاسم أبو ضيف مدير الأمن وقوات كبيرة من الدفاع المدنى والإسعاف إلى مكان الحادث، وتم انتشال الجثث ونقلهم إلى مشرحة مستشفى منفلوط المركزى ونقل المصابين إلى مستشفى أسيوط الجامعى. من ناحيتهم، قام الأهالي بقطع الطريق واحتجاز القطار أمام قرية المندرة. وأشار الأهالي إلى أن القطار لم يتوقف إلا حينما تسبب الأتوبيس فى قطع الأسلاك الخاصة بعجلات القطار. فيما ظهر المشهد على قضبان السكة الحديد بانتشار كثيف للأهالي للبحث عن أشلاء أبنائهم، فيما استطاع المواطنون من التقاط بعض البقايا من أجساد التلاميذ. وأكد أحد الأهالي أن الشرطة والإسعاف لم تأتِ إلى المكان إلا بعد مرور ساعتين من وقوع الحادث. وقام المواطنون بإشعال النيران فى الأشجار على الطريق ووقعت مشادات ما بين الأهالي والشرطة، وطالبوا بإقالة رئيس الوزراء والمحافظ. من ناحيته، حمل اتحاد شباب الثورة بأسيوط الرئيس مرسى وحكومته المسئولية كاملة عن الحادث. وطالب عقيل إسماعيل عقيل، المتحدث الرسمى للاتحاد، الذى زار موقع الحادث، الرئيس مرسى بإقالة الحكومة فورا، لأنها لم تحدد منذ توليها المعالم الأساسية لخطتها لتطوير السكك الحديدية، وظل الإهمال موجودًا حتى خيم الحزن على مئات الأسر من جراء حادث الأتوبيس المنكوب. وطالب إسلام سعد خشبة، رئيس الجمهورية بزيارة عاجلة إلى محافظة أسيوط ، لأن الحادث مروع يفوق ما يحدث فى غزة الذى بعث على الفور الرئيس السيد رئيس وزرائه، قائلا "ليست منفلوط أقل من غزة لتزورها وتتضامنوا مع أهلها المكلومين. واستنكر محمود نفادى تحميل المسئولية للسائق فقط أو عامل المزلقان وهى سياسات قبل الثورة، وذكر الرئيس باستجوابه فى مجلس الشعب فى حادثة قطار الصعيد، والذى حمل فيها الرئيس المخلوع وحكومته المسئولية عن الحادث.