بدأت عملية فرز الأصوات في محافظة المنيا ، والتي تضم 11 دائرة انتخابية يتنافس فيها 42 مرشحا منهم 20 من المستقلين و 15 من الحزب الوطني و 6 من الإخوان المسلمون وواحد من حزب التجمع ، في أغلب اللجان الفرعية والتي تبلغ 540 لجنة في الموعد القانوني باستثناء لجان في بعض القرى ، وبدأت فيها عمليات التصويت بعد ساعة من الميعاد المحدد بسبب عدم حضور أي من مندوبي عن المرشحين حيث تم فتح اللجان بحضور أول ناخب إليها. و كثفت أجهزة الأمن من تواجدها ، خاصة في دائرة بندر المنياوملوي وبني مزار ومطاي ومغاغة والعدوة ، والتي يتنافس فيها مرشحو الإخوان المسلمون ، بدعوى منع أية تجاوزات بين أنصار المرشحين ، فيما شكا المرشحون المستقلون ومرشحو الإخوان من قيام أجهزة الأمن بمضايقة الناخبين . وبدأ التصويت في الدوائر التي يتنافس فيها الإخوان المسلمون كبيرا وبدأ واضحا تفوق الإخوان المسلمون في تلك الدوائر وخاصة الدائرة التي يتنافس فيها الدكتور وجيه شكري مرشح حزب التجمع والدكتور محمد سعد الكتاتني مرشح الإخوان المسلمين. وشهدت دائرة أبو قرقاص توترا كبيرا حيث تقدم علاء رضا رشدي المرشح المستقل على مقعد الفئات ، والذي ينافس مرشح الوطني اللواء فاروق طه ، بشكوى تلغرافية إلى جهات الأمن يطالب فيها بدعم اللجان الانتخابية بقوات أمن إضافية مشيرا إلى أن مؤيدي الوطني يتحرشون بأنصاره. وانخفضت نسبة الحضور في المدن والمراكز فيما ارتفعت في دوائر القرى وكان أكثرها دائرة مركز ملوي التي يتنافس فيها خالد الدروي (فئات وطني) مع المرشح المستقل محمد عامر حلمي وأحمد توفيق (عمال وطني ) مع رياض عبد الستار (عمال مستقل) وكذلك دائرة مركز المنيا بعد السقوط المدوي الذي شهدته دائرة بندر المنيا للحزب الوطني. وشكا المرشحون من كثرة الأخطاء الموجودة في الكشوف ، سواء في الأسماء أو شمولها أسماء المتوفين ، وظهر ذلك واضحا في دائرة بني مزار ودير مواس ومركز ملوي الأمر الذي أدى إلى عدم تصويت الآلاف من الناخبين. وأعرب عدد من الناخبين عن استيائهم من الكشوف الانتخابية حيث لم تشمل الكشوف الانتخابية أسمائهم بالرغم من أنهم قاموا بالتصويت في الجولة الأولى وخاصة في دائرة بندر ملوي وبني مزار ومطاي وأكدوا أنه تم استبدال كشوف الجولة الأولى بكشوف أخرى لم تشمل أسمائهم. الغريب في الأمر أن عددا من العمد والمشايخ في القرى تصدوا للناخبين الذين لم يصوتوا لصالح الحزب الوطني وكادت أن تحدث بعض المشاجرات إلا أن قوات الأمن منعت حدوثها وخاصة في القرى المؤيدة لمرشحي الإخوان المسلمين وتحديدا في بندر ملوي ومغاغة. على جانب آخر ، انتشرت قيادات الحزب الوطني في معظم اللجان في الدوائر وكذلك أعضاء المجالس الشعبية المحلية لدعم موقف مرشحي الحزب الوطني والمستقلين الذين انشقوا عنه ودخلوا جولة الإعادة على قائمة الوطني.
