تبادلت قيادات الحزب الوطني بالمحافظات الاتهامات فيما بينها بعد الفضيحة التي منى بها مرشحو الحزب الوطني في الجولة الأولى للمرحلة الثانية الانتخابات ، والتي تجلت في فوز ستة مرشحين فقط للحزب وخروج 91 مرشحا من الجولة الأولى ، ولم يبق له سوى 47 مرشحا يخوضون جولة الإعادة . ودارت الاتهامات بين قيادات الحزب بالمحافظات حول سوء اختيار مرشحين لا يحظون بقواعد شعبية تؤهلهم لخوض المعركة الانتخابية أمام منافسيهم خاصة مرشحي الإخوان المسلمين ، إضافة إلى نجاح بعض المرشحين في الحصول على ترشيح الحزب بعد دفع رشاوى لأعضاء المجمعات الانتخابية وأمناء الحزب بالمحافظات . وتناولت الاتهامات أيضا تدخل القيادات العليا بالحزب بالقاهرة في اختيار أسماء بعينها رغم استبعادها من ترشيحات المجمعات وفرضها على أمانات الحزب بالمحافظات لدعمها ومساندتها. وأكدت بعض المصادر أن من أسباب السقوط المدوي لمرشحي الحزب الوطني وجود العديد من الخلافات بين أمناء الحزب بالمحافظات والمرشحين في تلك المحافظات ، وهو ما دفع بعض الأمناء لدفع لمساندة مرشحين منشقين عن الحزب على حساب مرشحي الحزب الرسميين . وأشارت المصادر إلى أن المستقلين والذين خرجوا على الالتزام الحزبي بعد تقديم استقالاتهم كانوا مدعومين من أمناء الحزب بالدوائر الانتخابية لضرب مرشحي الحزب وذلك من خلال الدعم السري إضافة إلى تفتيت الأصوات. وأكد عدد من رموز الحزب الوطني الذين سقطوا في المرحلة الأولى أن الحزب لم يدعمهم بل وقف موقف المتفرج في العديد من الأمور التي كانت تستوجب التحرك الفوري ورأب الخلافات ، مشددين على أنهم حذروا قيادات الحزب من وجود تحالفات سرية بين بعض مرشحي الحزب الوطني والمستقلين وبعض المنشقين وامتدت تلك التحالفات إلى مرشحي الإخوان المسلمين . وأكدت المصادر أن هناك اتهامات وانتقادات وجهت إلى كبار قيادات الحزب الوطني بالقاهرة وحملتها مسئولية الفشل التي منى به الحزب إلا أن تلك القيادات استمعت جيدا إلى تلك الانتقادات التي حملت بين ثناياها أن الحزب الوطني سوف يشهد حملة تغيير واسعة بعد انتهاء الانتخابات وأن التغييرات سوف تبدأ من أمانات الحزب بالمحافظات إلى الأمانة العامة للحزب الوطني مرورا بتغيير عدد من أعضاء لجنة السياسات التي يرأسها جمال مبارك.
