يسود الغموض مصير أعضاء "الإخوان المسلمين" المقيمين في السودان، ففي حين ترددت أنباء عن طردهم في محاولة لعدم إغضاب النظام المصري، نفى قيادي بالجماعة صحة ذلك. ونقلت صحيفة "الحياة" اللندنية أن السلطات السودانية اتخذت خلال شهري ديسمبر 2016 ويناير2017 قرارات بطرد عشرات من عناصر جماعة الإخوان المصرية من الهاربين في السودان. لكن الدكتور محمد سودان، أمين لجنة العلاقات الخارجية بحزب "الحرية والعدالة"، الذراع السياسي للإخوان القيادات نفى ذلك، قائلاً إنه لم يسمع أي شيء حول ما يتردد عن طرد "الإخوان" من السودان. وأضاف سودان ل"المصريون"، أنه حتى الآن لم تصل إليه معلومة مؤكدة عن طرد أي عضو بالجماعة هناك. فيما أكدت مصادر سودانية، أن السلطات الحاكمة لم تتخذ أي إجراءات ضد عناصر "الإخوان" المتواجدة على أراضيها، موضحة أن تصدير أنباء عن طردهم يقف وراءها مصادر إخوانية وعناصر من السلطات. فيما قال سامح عيد، الباحث في الحركات الإسلامية، إنه "من الصعب على السلطات السودانية طرد جماعة الإخوان لعدة أسباب منها أن الرئيس عمر البشير نفسه ينتمي للإسلام السياسي والإخوان، بالإضافة إلى أن طبيعة علاقاته مع النظام المصري متوترة بسبب حلايب وشلاتين ولا تسمح بالتعاون معها بطرد الإخوان". وأضاف عيد ل"المصريون": "البشير يعاني من أزمات وملاحقات دولية وبالتالي فليس من الفطنة أن يخلق جبهة توتر أخرى ضده، كما أنه لن يعارض الإخوان بشكل كبير". مع ذلك، قال إن "هذه المعلومة قد تكون حقيقية من خلال طرد جزئي للمنتمين لجماعات العنف أو التابعين لجبهة الراحل محمد كمال "الجناح الشبابي" بالجماعة وليس كل الإخوان، حتى يظهر بأنه يرفض العنف في بلاده". وحول تأثير ذلك على الجماعة، قلل من أهمية ذلك قائلاً إنهم "لن يتأثروا كثيرًا بذلك، لأنهم متفرقين في أكثر من دولة مثل ماليزيا وتركيا وقطر، والقليل منهم في السودان".