دخلت أزمة جديدة بين التيار السلفي ووزارة الأوقاف بمحافظة كفر الشيخ، عقب اكتشاف مديرية الأوقاف بالمحافظة، قيام عدد من قيادات التيار السلفي من تلاميذ الشيخ أبو إسحاق الحوينى بالمحافظة باستغلال أحد مساجد المحافظة والتدريس به لعدد من طلاب التيار السلفي، والقيام بتوزيع شهادات تخرج للطلاب بالمعهد. وبعد اكتشاف الأمر صدفة، عبر موقع المعهد والشيخ محمد سعد الأزهري أحد أقطاب السلفية بالمحافظة ومن تلاميذ الشيخ الحوينى. وقام الشيخ سعد الفقي، وكيل وزارة الأوقاف بالمحافظة، أمس، بتحرير محضر شرطة، ضد محمد سعد الأزهري، اتهمه فيه باقتحام أحد مساجدها بكفر الشيخ وتوظيفه لأغراض خاصة دون إذن من وزارة الأوقاف. وانتشر الخلاف بين التيار السلفي والأوقاف بعد إقامة حفل بالمسجد وتوزيع شهادات بتخرج عدد من الدارسين بمعهد غير مرخص ويبث أفكاره من خلال الإنترنت دون علم الوزارة ويعرض موقع المعهد تعريفًا وترويجًا لمناهجه واصفة عمله بأنه مؤسسة تربوية تعليمية تعنى بنشر العلم الشرعى وتعليم المسلمين أمور دينهم ونشر علوم الكتاب والسنة وتعليمها للناس على منهج السلف الصالح رضوان الله عليهم والعمل على تعليم كل طالب وطالبة فى مدة 5 سنوات اثنى عشر علمًا من علوم الكتاب والسنة على منهج السلف باختيار مدرسين ممن عرفوا بسلامة المنهج والمعتقد مع اعتبار التخصص فى المادة محل الدراسة وسبق الخبرة بتدريس العلوم الشرعية للطلبة من خلال منهج متكامل لجميع المواد الشرعية ينتهى بانتهاء السنوات الدراسية بالمعهد. وتكون الدراسة بالمعهد عبارة عن سنة تمهيدية ثم أربع سنوات دراسية أخرى ثم تعقب ذلك سنتان اختيارية للدراسات العليا المتخصصة يتم دراسة المواد الشرعية المقررة بالمعهد على مدار هذه السنوات الخمس الأولى وتتم الدراسة بالمعهد بنظامى الانتظام والانتساب للرجال والنساء. والفرقة التمهيدية الدراسة يوم السبت من كل أسبوع بعد صلاة العصر حتى صلاة العشاء، ويدرس بها مختلف علوم الفقه والسنة والعلوم الدينية المختلفة لمختلف شيوخ التيار السلفى السابقين والحاليين وكتب علماء أهل السنة.