في نهاية شهر نوفمبر 2014، حمَّلت لجنة تقصي حقائق أحداث ما بعد 30يونيو (التي شكلها النظام)، جماعة "الإخوان المسلمين"، مسؤولية فض الاعتصام، غير أن الأخيرة، رفضت تلك الاتهامات، واتهمت النظام وقياداته بالوقوف وراء "المذبحة". وآنذاك قالت اللجنة إن "اعتصام أنصار الرئيس المعزول محمد مرسي بميدان النهضة لم يكن سلميا قبل أو أثناء الفض، وهدف قوات الشرطة منذ البداية إخلاء الميدان وليس قتل المتجمعين". وأضافت اللجنة في تقرير لها أن "قوات الشرطة اضطرت إلى الرد على مصادر النيران التي أطلقها عليها المسلحون من بين المتجمعين". واعتبرت اللجنة أن "المسؤولية عن أعداد الضحايا في فض الميدان تقع على التجمع وقادته ومسلحيه وقوات الشرطة لعدم تركيزها (...) مما زاد من أعداد الضحايا". كما حملت اللجنة "جماعة الإخوان المسلمين وأنصارها مسؤولية الاعتداء على المواطنين المسيحيين وكنائسهم وممتلكاتهم عقب فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة"، أو"أنصار مرسي مسؤولية الأحداث التي وقعت أمام دار الحرس الجمهوري في يوليو 2013". وقبل ذلك بشهرين أصدرت منظمة هيومن رايتس ووتش الحقوقية، في أغسطس 2014، تقريرًا مفصلاً حول الأحداث معنون ب"حسب الخطة.. مذبحة رابعة والقتل الجماعي للمتظاهرين في مصر" اتهمت فيه مباشرة الفريق عبدالفتاح السيسي ووزير الداخلية محمد إبراهيم والرئيس المؤقت عدلي منصور وقيادات عسكرية حكومية ب"قتل المعتصمين السلميين". وأشار تحقيق "رايتس ووتش" الذي استمر لمدة عام كامل، إلى قيام قوات الجيش والشرطة، على نحو "عمدي وممنهج، باستخدام القوة المميتة والمفرطة في عمليات حفظ الأمن، مما أدى إلى مقتل متظاهرين على نطاق لم يسبق له مثيل في مصر". واستدلت المنظمة في تقريرها على "أدلة على تحقيقات في مواقع الأحداث بكل موقع من مواقع التظاهر، أثناء وقوع الاعتداءات على المتظاهرين أو بعدها مباشرة، وعلى مقابلات مع أكثر من 200 من الشهود وبينهم متظاهرون وأطباء وعاملون آخرون بالحقل الطبي وصحفيون ومحامون وسكان لمناطق الأحداث، وعلى مراجعة للأدلة المادية ولساعات من مقاطع الفيديو وتصريحات مسؤولين عموم (حكوميين)". ووصفت "رايتس ووتش"، عملية الفض، بأنها "ترقى على الأرجح إلى مصاف الجرائم ضد الإنسانية، بالنظر إلى اتساع نطاقها وطبيعتها الممنهجة، وكذلك إلى الأدلة التي توحي بأن عمليات القتل كانت جزءاً من سياسة تقضي بالاعتداء على الأشخاص العزل على أسس سياسية". كما ذكرت أن "بعض الأدلة أشارت إلى أن بعض المتظاهرين استخدموا الأسلحة النارية في عدد قليل من الوقائع، وهو ما لا يبرر الاعتداءات المميتة، غير المتناسبة، التي تمت عن سبق إصرار وترصد، على متظاهرين سلميين في أغلبيتهم الساحقة"، لافتة إلى أن "السلطات أخفقت في محاسبة ضابط شرطة أو جيش واحد على أي من وقائع القتل غير المشروع". وبينما لخص وصف القيادي الإخوان عصام العريان موقف جماعته من "فض رابعة"، قبل اعتقاله، بقوله "عملية فض رابعة معركة حقيقية غير متكافئة بين عُزَّل، لا يملكون شيئاً يدافعون به عن أنفسهم، وجيش من البوليس تدعمه قوات وطائرات تحلّق فوقنا، وسيسقط مئات الشهداء وسيندحر الهجوم، وتبقى إرادتنا حرة لا تنكسر أبداً تحت جنازير المدرعات لنحيا أحراراً"، نالت الجماعة اتهامات بالتسبب في "قتل" أنصارها، لعلمها بموعد الفض دون أن تتحرك لإنقاذهم. ففي تقرير نشرته في سبتمبر 2013، نسبت وكالة "الأناضول" إلى مصدر ب"التحالف الوطني لدعم الشرعية" أن قيادات الاعتصام كانت على علم بفض الاعتصام قبل 6ساعات من بدء الفض. ونقلت الوكالة عن المصدر، أنه "خلال تواجد قيادات التحالف في قاعة رقم 3 الملحقة بمسجد رابعة العدوية، والتي تم تخصيصها خلال الاعتصام لقيادات التحالف كما كان يتجمع فيها قيادات جماعة الإخوان المسلمين وحزبها الحرية والعدالة، وصلتنا معلومة منتصف ليل الثلاثاء - الأربعاء بالتوقيت المحلي بأن قوات الأمن ستقوم بفض الاعتصام صباح الأربعاء 14 أغسطس دون ذكر الساعة". وأضاف المصدر أنه "عقب وصول المعلومة، قمنا بإخلاء جزئي للقاعة رقم 3وكذلك القاعة رقم 2 التي تم تخصيصها للمركز الإعلامي، وذلك حتى تتسع القاعتين للشهداء والمصابين الذين سيسقطون خلال فض الاعتصام كما توقعنا"، بالإضافة إلى المستشفى الميداني. واستدرك المصدر: "قمنا أيضًا عقب علمنا بموعد فض الاعتصام بإصدار تعليمات للمسئولين عن تأمين الميدان بتشديد عمليات التأمين على المداخل والمخارج وكذلك على المنصة التي يلقي المتحدثون كلماتهم من فوقفها نظرا لأن عدد من القيادات قرروا اعتلائها عقب علمهم بالفض، بالإضافة إلى تشديد تأمين سيارة البث التليفزيوني سيارة خاصة بالتليفزيون المصري كانت تستخدم في بث فعاليات الاعتصام لعدد من الفضائيات الخاصة حيث كان يؤمنها عدد من الأشخاص يرتدي كل واحد منهم خوذة حديدية ويمسك في يده عصا". وقبل آذان الفجر بوقت قصير أي عند الساعة 2.30 من صباح الأربعاء بالتوقيت المحلي - بحسب المصدر- "قام محامون بإلقاء محاضرة على عدد من الأطباء والمساعدين لهم في المستشفى الميداني في كيفية توثيق أسماء الشهداء والمصابين، وذلك دون التطرق إلى معلومة فض الاعتصام حتى لا تتسرب وتتم إثارة البلبلة بين المعتصمين". ولفت المصدر إلى أنه رغم علم معظم قيادات التحالف بموعد فض الاعتصام إلا أنهم "كان لديهم إصرار علي البقاء طوال الليل في الميدان ومن بينهم صلاح سلطان ومحمد البلتاجي ومحمد جمال حشمت وعبد الرحمن البر وصفوت حجازي، وإن كانت بعض القيادات غادرت ساحة الاعتصام مع الساعة الخامسة بالتنسيق مع آخرين"، بحسب المصدر الذي لم يحدد أسماء من غادر. وأوضح أن "مغادرة بعض قيادات التحالف لمكان الاعتصام كان بقرار من القيادة؛ حرصًا على عدم الإخلال بالعمل التنظيمي والميداني للتحالف. وأضاف أنه "تم الاتفاق على أن تبقي قيادات ميدانية في مقدمتها صلاح سلطان، الذي أصيب نجله بطلقات خرطوش في ظهره قبل اعتقاله مؤخرا، ومحمد البلتاجي الذي استشهدت ابنته (أسماء)، وعبد الرحمن البر، وصفوت حجازي، وياسر صديق، وإمام يوسف، الذي أصيب بخرطوش، ومجدي سالم، وكثيرون غيرهم".