قدرت دراسة رسمية، أعدتها وزارة المالية ومصلحة الضرائب، متوسط الفاقد السنوي من حصيلة ضريبة الرواتب في الجهاز الإداري للدولة، بنحو 1.4 مليار جنيه سنوياً. وانتقدت الدراسة عدم وجود قاعدة بيانات خاصة بضريبة الرواتب بالجهاز الإداري بالدولة بمصلحة الضرائب، وعدم فتح ملفات لبعض الجهات الحكومية، التي يرد منها شيكات بقيمة الضريبة، فضلا عن عدم حصر كل الصناديق وحسابات الإيرادات الخاصة بالجهات الحكومية. ولفتت إلى وجود رصيد من الشيكات المرتدة من الجهات الحكومية ببعض المأموريات مؤكدة عدم تطبيق بعض الجهات أحكام قانون الضريبة علي الدخل بطريقة صحيحة. وعلى صعيد أساليب الفحص الضريبي، أظهرت الدراسة التي أعدها قطاع الفحص والتحصيل بمصلحة الضرائب، والمديريات المالية وحسابات الحكومة بوزارة المالية، تباين أساليب وطرق الفحص الضريبي لضريبة الرواتب للجهات الحكومية بالمأموريات، منتقدة عدم قيام بعض المأموريات المتخصصة، خاصة مأموريات المحافظات بفحص بند الأجور المتغيرة، والتي تؤثر بصورة مباشرة على تحديد الإيرادات الخاضعة للضريبة، وإهمال بعض المأموريات للفحص الضريبي لبعض الجهات الحكومية الهامة. وأشارت إلى غياب عنصر الرقابة الداخلية للدورة المستندية بالجهات الحكومية لمتابعة خصم ضريبة الرواتب، وعدم خصم الضريبة المستحقة من المبالغ المنصرفة من الحسابات والصناديق الخاصة. واقترحت الدراسة إنشاء «إدارة مركزية» لضريبة الرواتب لمعالجة الفاقد في الحصيلة ووضع قاعدة بيانات متكاملة لها وإصدار دليل للإجراءات التنفيذية للفحص الضريبي لرواتب العاملين بالجهاز الإداري بالدولة. وانتقد خالد عبدالنبي، عضو المكتب الفنى لقطاع الفحص والتحصيل بمصلحة الضرائب، المعد الرئيسي للدراسة، عدم تنفيذ الحكومة السابقة توصيات الدراسات الفنية التي أشارت إلى هذا الفاقد الكبير في ضريبة رواتب الجهاز الإداري للدولة والذي يشمل الوزارات والمصالح الحكومية ووحدات الحكم المحلي. وأضاف أن إجمالي عدد العاملين بجميع قطاعات الجهاز الحكومي بالدولة، وفقا للموازنة العامة للعام المالي 2010/2011، بلغ نحو 6 ملايين موظف، بينما وصلت مخصصات الأجور والرواتب إلى 100 مليار جنيه. وأشار عبدالنبي إلى أن عدد الوحدات الحسابية الحكومية تصل إلى نحو 3500 وحدة موزعة على مستوى الجمهورية.
