فى 16 سبتمبر 1949 انضمت إسرائيل إلى هيئة اليونسكو، وفى كلّ سنة، تقوم وكالة التنمية الدوليّة الإسرائيلية بالمشاركة مع مجلس التعليم العالى بتمويل أكثر من 20 منحة دراسية مع اليونسكو، وفى عام 2005، انتُخبت إسرائيل عضواً فى لجنة التراث العالمى، وهو العام نفسه الذى سجلت فيه التلال التوراتية مجيدو، وهازور، وبئر سبع وطريق البخور - مدن صحراء النقب - ضمن قائمة التراث العالمى، وسبقها فى التسجيل مدينة عكا القديمة ومصعدة عام 2001، ومدينة تل أبيب البيضاء عام 2003، وتبعتها الأماكن البهائية المقدسة فى حيفا والجليل الغربى عام 2008، والمثير أن كل هذه الأماكن تم تسجيلها فى عهد اليابانى كوشينو ماتسورا، الذى تولى رئاسة اليونسكو منذ عام 1999 حتى 2009. وفى عام 2003 حاولت إسرائيل تسجيل بعض المواقع الأثرية فى مدينة القدس ضمن قائمة التراث العالمى، وهو ما واجه رفضاً تاماً من جانب هيئات الآثار العربية. وقال زاهى حواس، الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار المصرية، إن «منظمة اليونسكو ولجنة التراث العالمى منظمات ضعيفة لا تعنينا بشىء طالما هى منحازة لإسرائيل على حساب الحق العربى. ولكن تسجيل آثار فى إسرائيل ضمن قائمة التراث العالمى، وعلاقة الدولة العبرية سياسياً بمنظمة مستقلة تابعة للأمم المتحدة كانت دائماً موضع تساؤل للكثيرين، وهو ما فسره السفير حسن عيسى، مدير إدارة إسرائيل فى وزارة الخارجية سابقاً، وقال ل«المصرى اليوم»: «لا يوجد منظمة أو هيئة تابعة للأمم المتحدة مستقلة، أو تعمل لصالح الدول الأخرى. وأضاف عيسى: «السبب الثانى الذى يؤكد أن هذه المنظمات غير مستقلة، هو أن الولاياتالمتحدةالأمريكية تسيطر عليها بالكامل. إلا أن الدكتور عماد جاد، رئيس تحرير مجلة مختارات إسرائيلية، اعتبر أن علاقات إسرائيل ليست قوية مع اليونسكو، مستدركاً: لكن علاقة تل أبيب قوية مع الولاياتالمتحدة والدول الأوروبية، وهو ما يؤثر على قرارات المنظمة.