بين عهدي الملك فاروق، والرئيس الإخواني مرسي فجوة زمنية كبيرة، إلا أن الاثنين اتفقا على ظلم كنيسة "قصر الدوبارة" التي تعد المعقل الرئيسي للأقباط البروتستانت في مصر، ولعبت دورا هائلا في ثورة يناير المجيدة. في يناير 1940 أسس مجمع الدلتا الإنجيلي كنيسة جديدة في القاهرة على أن تجتمع هذه الكنيسة في القاعة المملوكة لدار تحرير إرسالية النيل في وسط القاهرة. وانتخب القس ابراهيم سعيد الواعظ – الشهير ب "ذهبي الفم" - في ذلك الحين راعياً لهذه الكنيسة في مارس من نفس العام. وتزايد الحضور في هذه الكنيسة الوليدة للدرجة التي أصبحت الحاجة لمبنى كبير حاجة ملحة. وفي ديسمبر 1941 تم شراء قصر فيما يسمى الآن ميدان التحرير بهدف هدمه وبناء الكنيسة الجديدة مكانه. وكانت هناك حديقة جميلة يطل عليها هذا القصر. ولكن كانت هناك حاجة لتصريح بالبناء، وقتها لم يكن مصرحاً ببناء الكنائس في أي مكان في مصر بدون توقيع شخصي من الملك أو رئيس الجمهورية. ووقع الملك فاروق ملك مصر في ذلك الوقت التصريح ببناء الكنيسة في الحادي عشر من مارس سنة 1944 بعد أن طلب منه معلمه الخاص أحمد حسنين باشا ذلك. وضع حجر الأساس في ديسمبر 1947 لكنيسة قصر الدوبارة الإنجيلية واكتمل البناء سنة 1950. وعندما رأى الملك فاروق الكنيسة في الميدان الرئيسي بالقاهرة، استشاط غضباً حيث أنه في هذه الآونة كان يتمنى أن يصبح خليفة المسلمين بعد أن انتهت الخلافة في تركيا سنة 1923. فأصدر الملك أوامره بألا ترتفع منارة الكنيسة أكثر مما كانت عليه في ذلك اليوم، وأمر ببناء مبنى حكومي ضخم لكي يخفي الصليب، وبالفعل تم إنشاء مجمع التحرير، وبناء جامع جديد جميل في الركن الآخر من الميدان، وهو مسجد عمر مكرم. وفي يوليو 1952 تم ترحيل الملك فاروق من مصر إلى إيطاليا. و في عيد القيامة سنة 1955 زار الرئيس جمال عبد الناصر الكنيسة. ورحب به القس سعيد وقال له: "كره الملك فاروق أن يرى صليباً واحداً فأرسله الله إلى حيث لا يرى إلا صلباناً." وتعود الجذور التاريخية لهذه الكنيسة إلى فجر المسيحية، حيث أُطلق الرسل الأوائل لفظة"إنجيلي" فالبشير متى، يُطلق عليه لقب "متى الإنجيلي"، والبشير يوحنا يُطلق عليه يوحنا الإنجيلي.. إلخ، فالإنجيليون هم الذين بُشروا بالإنجيل "المسيح، وقبلوه وتمتعوا بخلاصه، وعاشوا حياتهم وفقاً لمبادئه، وهكذا أيضاً بعدما بُشروا هم بالإنجيل وتمتعوا به ذهبوا يخبرون العالم عن هذا الإنجيل، وبعدما انتشرت رسالة الإنجيل بواسطة الإنجيليون إلى أرجاء العالم المختلفة، تعددت وتنوعت المسميات التي أُطلقت على هؤلاء الإنجيليين. وبين فاروق ومرسي استمرت الكنيسة الإنجيلية تؤدي دورها في خدمة طائفة البروتستانت، حتى قامت ثورة يناير 2011 فلم تتأخر "قصر الدوبارة" – بالتنسيق مع مسجد عمر مكرم - عن فتح أبوابها للمصابين كأول مستشفى ميداني، واستقبلت الثوار والنشطاء، وفي أحداث محمد محمود والقصر العيني وغيرها واصلت الكنيسة دعم المتظاهرين؛ مما أثار حنق حكومة الإخوان، فأسروها في أنفسهم، وأضمروا للكنيسة شرا. وجاء الانتقام الإخواني بيد وزير الأوقاف الدكتور طلعت عفيفي، الذي أصدر قرارا بحظر التعامل مع الكنيسة الإنجيلية، ولم يبد أسبابا لذلك. وأوضح الدكتور سلامة عبد القوى، المتحدث الرسمى للأوقاف أن الوزارة تلقت الكثير من الشكاوى بعدد من المحافظات بأن هناك أئمة يتبعون الأوقاف يتعاملون مع الكنيسة الإنجيلية بشكل مباشر، ويدعون الأئمة للمشاركة فى بعض المسيرات، لذلك أصدرت الوزارة بياناً بأنه لا يتم التعامل الفردي مع الكنيسة الإنجيلية، وإن كان التعامل يكون من الناحية الرسمية. وتداولت مواقع إخبارية وفضائيات منشوراً يحمل توقيع الدكتور عبده مقلد رئيس القطاع الديني بوزارة الأوقاف والشيخ محمد عبد الرازق عبد الهادي وكيل الوزارة لشئون المساجد، جاء به "أن يُحظر على الدعاة وأئمة المساجد التعامل مع الكنيسة الإنجيلية". وأعرب القيادي بالكنيسة الإنجيلية أكرام لمعي، عن اندهاشه من وقف وزارة الأوقاف تعاملاتها مع الكنيسة الإنجيلية وقصر التعامل بشكل فردي، مشيرا إلى أن هذا القرار كان مفاجئا. وأكد لمعي في مداخلة هاتفية له ببرنامج "صباح البلد" على قناة "صدى البلد"، أنه كان هناك تعاون في مجالات تبادل الزيارات بين الأئمة والقساوسة وخدمات اجتماعية أخرى، بين وزارة الأوقاف و الكنيسة منذ عشرات السنين، مشيرا إلى تطور هذه العلاقات. وأشار إلي أن هناك عملية "أخونة" داخل وزارة الأوقاف، وأن من كانوا يتعاملون معهم قد تم استبعادهم من الوزارة، معربا عن استيائهم من عدم إخطارهم بالقرار، موضحا أن هناك اتصالات تجريها الكنيسة الإنجيلية لتدارك الأمر. فيما قال الدكتور القس أندريه زكي - مدير عام الهيئة القبطية الانجيلية للخدمات الاجتماعية -: "الهيئة علاقاتها وطيدة بوزارة الأوقاف وقيادتها طوال السنوات الماضية، ولاسيما فيما يتعلق بالبرامج المشتركة التي ينظمها منتدى حوار الثقافات بالهيئة، بالتعاون مع الوزارة طوال أكثر من عشر سنوات مضت وحتى يومنا هذا". وأكد زكي: "أن الوزارة وعلى رأسها الوزير وجميع قيادتها، لا تألو جهدًا في ترشيح عدد من أصحاب الفضيلة الائمة على درجة كبيرة من الثقافة يمثلونها خير تمثيل، للمشاركة في كافة برامجها سواء أكانت داخلية أو إقليمية أو دولية، كان آخرها ترشيح الوزارة لأحد الأئمة الشباب للمشاركة في اللقاء الذى عقد الشهر الماضي بالدنمارك، بحضور ممثلين عن عدد من الدول العربية والاوروبية، والذى كان خير تمثيل لها، أشادت به العديد من وسائل الإعلام". وكان الكثيرون من نشطاء سياسيين وحقوقيين وفنانين، قد احتشدوا بعد ظهر اليوم، بمحيط الكنيسة "قصر الدوبارة"، معربين عن تضامنهم الكامل مع الكنيسة والطائفة الإنجيلية ضد الهجوم الذي تتعرض له. وندَّد المتضامنون بقرار وزارة الأوقاف "بوقف التعامل مع الكنيسة الإنجيلية"، مؤكدين أن القرار يمثِّل محاولة للنيل من وحدة الشعب المصري. وردَّدوا هتافات: "عاش الهلال مع الصليب"، و"لا إخوان ولا سلفية مصر حتفضل غالية عليَّ"، و"يسقط يسقط حُكم المرشد" في إشارة إلى المرشد العام لجماعة الإخوان. وأمام تلك الاحتجاجات العارمة تراجعت الوزارة، ونفت على لسان الناطق باسمها الدكتور سلامة عبد القوي، أن يكون هناك توجّه ضد الكنيسة الإنجيلية.
