تبدأ فلاي دبي تسيير رحلات مباشرة بيد دبيوجوبا عاصمة جمهورية جنوب السودان بمعدل 4 رحلات إعتبارا من 21 أبريل 2013، أيام الإثنين والثلاثاء والجمعة والسبت، لترتفع الوجهات التي ترتبط بالامارات برحلات مباشرة لأول مرة الى 32 وجهة. وقال غيث الغيث، الرئيس التنفيذي لفلاي دبي "تمثل رحلات الناقلة إلى جوبا، إضافة الى شبكة فلاي دبي، وخطوة مهمة في أفريقيا، ويتيح خدمة المزيد من الأسواق التي عانت سابقاً من ضعف أو غياب الربط الجوي المباشر". واضاف "تكون فلاي دبي وبالإعلان عن إضافة جوبا إلى شبكة وجهاتها المتنامية قد حققت المزيد من الربط الجوي من وإلى دبي، وترفع بهذا الإعلان عدد الوجهات التي تخدمها، والتي لم تكن متصلة بخط مباشر بدولة الإمارات، أو لم تكن أيُ من الناقلات الوطنية التي تتخذ من دبي مقراً تسير رحلات مباشرة إليها إلى 32 وجهة. وتغادر الرحلة إف زد 611 المبنى 2 من مطار دبي الدولي في الساعة 1010، وتحط في جوبا في الساعة 1400 بالتوقيت المحلي، فيما تغادر رحلة العودة رقم إف زد 612 مطار جوبا في الساعة 1500، وتحط في دبي في الساعة 2115 بالتوقيت المحلي. وتبدأ أسعار رحلات الذهاب والإياب من دبي إلى جوبا من 2380 درهماً، فيما تبدأ أسعار رحلات الذهاب والإياب من جوبا إلى دبي من 650 دولاراً أمريكياً، وتشمل هذه الأسعار الضرائب و20 كيلوجراماً من الأمتعة وحقيبة يد تزن 7 كيلوجرامات، بالإضافة إلى حقيبة كمبيوتر محمول صغيرة. وتبدأ أسعار الأمتعة الإضافية من 100 درهماً ل 20 كيلوجراماً بحسب توفر الأوزان الإضافية، فيما تبلغ رسوم حجز مقعد يضم مساحة إضافية للساقين 100 درهم، ويمكن للمسافرين أثناء الرحلة شراء إضافات متنوعة تشمل الاستمتاع بمحتوى النظام الترفيهي والذي يبدأ سعره من 10 دراهم، أو الحصول على أطعمة طازجة ومرطبات أو شراء معروضات السوق الحرة. وتتوفر إمكانية حجز التذاكر على موقع فلاي دبي الإلكتروني أو من خلال الاتصال بمركز خدمة العملاء أو عبر مكاتب سفريات فلاي دبي أو شركاء السفر، وتتوفر معلومات إضافية عن خدمات تأجير السيارات أو التأمين على السفر على الموقع الإلكتروني.