أثار إعلان الكنيسة المصرية عن توجه البابا تواضروس إلى القدس، لحضور مراسم دفن وأداء الصلاة على مطران القدس، حالة من الجدل في الأوساط السياسية المصرية. فهناك من يري أن زيارة البابا تعد خروجا علي القرار الذي أصدره البابا الراحل شنودة الثالث عام 1980، عقب توقيع اتفاقيتي كامب ديفيد سنة 1978 واتفاقية السلام المصرية الإسرائيلية عام 1979، بعدم زيارة الأقباط المصريين للأراضي الفلسطينية المحتلة لحين حصول الشعب الفلسطيني علي حقوقه المشروعة. ووصف منتقدون للزيارة بأنها بمثابة دعوة للتطبيع مع إسرائيل من ناحية، ومساندة للموقف السياسي المصري تجاه إسرائيل من ناحية أخري، وهو الموقف الذي وصفه أولئك بالمهادن، خصوصا تجاه الممارسات القمعية لقوات الاحتلال تجاه الفلسطينيين في الأراضي العربية المحتلة وخصوصا القدس. من جانب آخر، رفضت مصادر بالكنيسة المصرية الانتقادات الموجهة للزيارة، مؤكدة أنها "أمر روحي ولا علاقة له بالسياسة من قريب أو من بعيد، وهو لأداء الصلاة علي مطران القدس، ومن ثم فهي أمر واجب يتعين علي البابا القيام به". فالأنبا إبراهام مطران القدس والكرسي الأورشليمي الذى توفى الأربعاء، عضو بالمجمع المقدس الذي يضم كافة المطارنة والقيادات الدينية بالكنيسة الأرثوذكسية، ويأتي في المركز الثاني بعد البابا في ترتيب أساقفة المجمع المقدس. من جانبه قال كمال زاخر الباحث القبطي: "لا أتفق مع الانتقادات التي توجه لزيارة البابا تواضروس للقدس، وأري ان هذه الانتقادات تأتي في إطار محاولات لضرب وحدة التجمع الذي خرج في ثورة 30 يونيو، والذي كان البابا تواضروس أحد الأطراف المشاركة به مع شيخ الأزهر". وأضاف زاخر أن "مسألة التطبيع مع العدو الإسرائيلي لم تعد هي الهاجس الذي يعانيه الفلسطينيون حاليا، فالظروف تغيرت الآن وبشدة مقارنة بالمناخ الذي كان سائدا وقت صدور قرار من البابا شنودة سنة 1980، بعدم زيارة الأقباط للمقدسات القبطية بالأراضي المحتلة، فالخطر الداهم الآن هو عمليات التهويد الجارية علي قدم وساق من جانب قوات الاحتلال الإسرائيلي، وهو ما أشار إليه الرئيس محمود عباس خلال زيارته الأخيرة إلى مصر ومطالبته للأقباط المصريين بزيارة المقدسات المسيحية بالقدس، لمؤازرة إخوانهم الفلسطينيين روحيا واقتصاديا". ورأى زاخر أن زيارة البابا تواضروس لا تعتبر إلغاء أو تجميدا لقرار البابا شنودة، مضيفا أن إلغاء القرار أو تجميده يحتاج إلى صدور قرار واضح من البابا تواضروس وهو ما لم يحدث، مطالبا بأن تنأى الكنيسة المصرية عن أي أمور سياسية، وتقتصر على الجوانب الروحية فقط.
