بعد ظهور نتائج الاستفتاء والتي جاءت في صالح التعديلات الدستورية بالموافقة، رَحَبَت الكنائس المصرية الثلاث بهذه النتيجة، في الوقت ذاته وَجَهَت انتقادات لبعض التيارات السياسية، والتى رفضت الكنائس ذِكر أسماءها. وأشار أسقف شبرا الخيمة وتوابعها،الأنبا مرقس، رئيس لجنة الإعلام بالمجمع المقدس، أن الاستفتاء فى حد ذاته فى صالح الحياة الديمقراطية والوطن، وإلى احترامه لنتيجة الاستفتاء طالما أن ذلك رأى الأغلبية، على الرغم من إبداء مرقس دهشته من النسبة النهائية لمن صوتوا برفض التعديلات، خاصة أن المؤشرات قبل الاستفتاء أشارت إلى وجود نسبة كبيرة من المواطنين ضد التعديلات الدستورية. وأشار الدكتور أندريه زكى، نائب رئيس الطائفة الإنجيلية، أنه على الرغم من تصويته برفض التعديلات، إلا أن المناخ الديموقراطي يُلزم الجميع باحترام نتيجة الاستفتاء ورأى الأغلبية مع الالتزام بالتوافق الاجتماعى، وأضاف أن هذا الاستفتاء يُمثل الخطوة الأولى على طريق الديموقراطية، خاصةً بعد المشاركة الفعالة لكافة طوائف الشعب في هذا الاستفتاء، ووقوفهم فى طابور الديمقراطية دون كلل أو ملل. وعلى جانب آخر انتقد الأب رفيق جريش، المتحدث الرسمى باسم الكنيسة الكاثوليكية، ما قامت به بعض التيارات السياسية لاستخدام بعض الشعارات الدينية، وَصلت فى بعض القرى إلى أن اختيارهم "لا" يقود إلى دولة مسيحية، وأن "نعم" تعنى الموافقة على دولة إسلامية، هذا بالإضافة إلى استخدامهم الأموال وبعض السلع الغذائية لحشد الناخبين للتصويت بالموافقة على التعديلات الدستورية، واستدرك جريش: "فى النهاية اختار الشعب المصرى التعديلات ويجب احترام رأيه واختياره حتى لو رفضناها". وقد تقدم نجيب جبرائيل، المحامى القبطى، رئيس منظمة الاتحاد المصرى لحقوق الإنسان، برفع أول دعوى قضائية ببطلان نتيجة الاستفتاء أمام محكمة القضاء الإدارى ضد المستشار محمد عطية، رئيس اللجنة القضائية العليا المشرفة على استفتاء التعديلات الدستورية، وأشار جبرائيل إنه تقدم صباح الاحد برفع الدعوى بسبب عدم وجود قضاة فى عدد من اللجان مما عطل الكثيرين عن أداء واجبهم الدستورى، بالإضافة إلى عدم وجود ستائر حتى يتمكن الناخبون من الإدلاء بأصواتهم فى حيادية وحرية، هذا بالإضافة إلي سرعة زوال الحبر الفسفورى الذى تم استخدامه فى الاستفتاء فى أقل من ساعة، وأشار إلى أنه تم تجميع أكثر من لجنة انتخابية فى لجنتين أو ثلاث، قد منع آلاف الناخبين من الإدلاء بأصواتهم فى كثير من قرى محافظة سوهاج والعزيزية بأسيوط. وأدان جبرائيل ما قامت به جماعة الإخوان والسلفيين، ببث دعاية دينية داخل لجان الاستفتاء، ومخالفة القانون وتحويلهم التصويت بالموافقة على التعديلات إلى واجب شرعى.
