اتهم سلمان الأنصاري، مؤسس ورئيس لجنة العلاقات العامة السعودية الأمريكيةقطر بإيواء العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر، خالد شيخ محمد، خلال مقال نشره بموقع "هيل" الأمريكي المتخصص في أخبار الكونجرس. وقال الأنصاري: "في رأيي فإن خالد شيخ محمد، استخدم قطر التى عمل وعاش بها كمركز للتخطيط لآلاف الأعمال الإرهابية، حيث إنها كانت بمثابة حلقة وصل هامة له". وأضاف أن شيخ محمد سافر إلى الفلبين فى عام 1994 للمشاركة فى مخطط إرهابي عرف باسم "بوجينكا" كانت تهدف لتدمير 12 طائرة تجارية بين الولاياتالمتحدة وشرق أسيا وجنوب شرقها. وفي عام 1995، عمل شيخ محمد في منظمة "الإغاثة الإنسانية" المصرية، التى تعمل كواجهة لجماعة "الإخوان"، وحصل على الجنسية البوسنية في نوفمبر 1995، وتواجد في الدوحة لمرتين على الأقل خلال 1995-1996، وخلال زيارته في الدوحة، استقبله وزير الشئون الدينية القطري الشيخ عبدالله آل ثاني، أكد الكاتب أن شيخ محمد قضى أقل من عام في الدوحة، ولكن آثارها كانت مميتة وشريرة. وتابع أن خالد شيخ محمد عاد إلى قطر عندما اكتشفت مؤامرة "بوجينكا"، وعمل كمهندس في وزارة الكهرباء والمياه القطرية، ولكنه سافر في عام 1995 خارج قطر والتقى شخصيات بارزة في عالم التنظيمات المسلحة، حيث حاول خلال زيارته للسودان مقابلة أسامة بن لادن الذي كان يعيش في ذلك الوقت بمساعدة من الزعيم السياسي السوداني حسن الترابي. وأوضح أن نشاط شيخ محمد لم يكن معروفا للسعوديين أو للولايات المتحدة، حتى إن ريتشارد كلارك المنسق الوطني للأمن ومكافحة الإرهاب في إدارتي كلينتون وبوش كتب: "صحيح أن قطر كانت ملاذا لقادة المجموعات التي تعتبرها الولاياتالمتحدة أو غيرها من المنظمات الإرهابية. غير أن هذا ليس شيئا جديدا، إنها مستمرة منذ ما لا يقل عن 20 عاما - وكان واحدا من أولئك العقل المدبر لهجمات 9-11 "، واتهم كلارك قطر بالتعنت لرفض الدوحة القبض على شيخ محمد. ولكن بحلول عام 1996، وبسبب تفجير مركز التجارة العالمي عام 1993، اعتبرت الحكومة الأمريكية شيخ محمد "إرهابي كبير"، وفي وقت لاحق، أصدرت لائحة اتهام جنائية ضده من قبل المخابرات الأمريكية التى حاولت تحديد موقعه واعتبرتها أولوية لعملائها. وأردف كلارك: "وجدت المخابرات الأمريكية شيخ محمد في قطر، يعمل في إدارة المياه وجاء القرار بشأن ما يجب عمله بعد ذلك إلى لجنة مشتركة بين الأجهزة الأمنية ترأستها، وهي مجموعة الأمن لمكافحة الإرهاب، وكان هناك إجماع على أنهم لا يستطيعون أن يثقوا بحكومة قطر، وطلب جهاز الأمن القطري اعتقاله وتسليمه، حيث كان للقطريين تاريخ من التعاطف مع الإرهابيين وأن هناك عضوا في مجلس الوزراء القطري، وهو من العائلة المالكة، يبدو أن له علاقات مع جماعات مثل القاعدة وأنه يدعم شيخ محمد ". ولفت إلى أنه كان هناك قرار اتخذ بتنفيذ عملية القبض على خالد شيخ محمد وترحيله خارج قطر بواسطة عملاء أمريكيين ولكن غياب الإمكانيات حال دون تنفيذ الخطة، فلجأت واشنطن إلى الدوحة لتنفيذ عملية القبض على شيخ محمد ولكنه بوسيلة ما علم بالخطة وهرب لأفغانستان.
