أكد د. علي جمعة مفتي الجمهورية وعضو هيئة كبار العلماء، أن هدم الكنائس فساد عظيم لا يجيزه الإسلام، حيث قال: "إن هدم الكنائس فساد عظيم، وأن التهجير القسري لأي طائفة جريمة دونها القتل، مشيرّا إلى أن ما حدث من تهجير في النوبة حتى لا يغرق الناس في النيل ليس قسريّا، كما أن التهجير أيام بورسعيد كان بسبب الحفاظ على حياة المواطنين. وأوضح أن حديث "لا قبلتين في الأرض" لا علاقة له بمسلمين أو مسيحيين، وأنما له علاقة بتحديد القبلة لصلاة المسلمين، مؤكدّا أنه لا عداء للمسيحيين في الإسلام، وأن المسيحية تبرأ من الحروب الصليبية واستغلال الصليب الذي فيه معنى الخلاص عند المسيحيين، مضيفّا أن القول إن التراث عفن قلة أدب وحياء، مشيرّا إلى أن الرسول ترك لنا أربع نماذج في التعايش "مكة والحبشة والمدينة بنموذجيها"، وعلمنا في نموذج مكة كيف نعيش في بلد تكرهك وتكره دينك.