رفض شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب تهنئة الفاتيكان للمسلمين بعيد الأضحى المبارك بسبب تصريحات بابا الفاتيكان حول أوضاع المسيحيين بالشرق الأوسط. واعتبر الطيب أن تلك التصريحات تمثل تدخلاً في الشؤون الاسلامية والمصرية على السواء، ولا تهدف إلا إلى بث الفتنة بين أبناء الوطن الواحد. وكان الطيب قد استقبل مايكل فيتزجيرالد سفير الفاتيكان بالقاهرة لتقديم التهنئة للمسلمين بعيد الأضحى، بصفته ممثلاً للفاتيكان. وأعلن الطيب قبوله التهنئة من سفير الفاتيكان بصفته الشخصية كصديق للمصريين وسفيرًا بالقاهرة، رافضًا قبول التهنئة من الفاتيكان بصفة رسمية. وكان الدكتور عبد الحميد الأطرش - رئيس لجنة الفتوى بالأزهر الشريف - قد انتقد قانون دور العبادة الموحد الذي أعدته لجنة العدالة بمجلس الوزراء قائلاً: "إن هذا القانون به بنود سوف تؤدي إلى زيادة الاحتقان بين المسلمين والأقباط، ولن تحل الأزمة الطائفية في مصر". وقال الدكتور الأطرش حسب تقارير صحافية مصرية: "إن للمسيحيين ما للمسلمين في مصر، ولا مانع على الإطلاق من بناء الكنائس أو دور العبادة، ولابد من التصريح للأقباط ببناء الكنائس، ولكن لابد ألا يقارن بناء المساجد بالكنائس، لأن هناك فارقًا نسبيًّا بين أعداد المسلمين والأقباط، وإننا لم نرَ يومًا "حصيرة" واحدة مفروشة خارج الكنيسة للزحام بسبب الصلاة، وبالتالي ليس هناك فائدة من تحديد مسافات تقدر ب500 متر بين الكنيسة والأخرى أو دور العبادة؛ لأن دور العبادة ليست صيدليات لكي يتم تحديد هذه المسافات والمساحات لبنائها". وأكد رئيس لجنة الفتوى بالأزهر الشريف أنه يحق للأقباط أو غيرهم بناء دور عبادتهم حسب الكثافة السكانية في منطقة ما، وحيث يتمركز الأقباط يقيمون كنائسهم، محذرًا من تقارب بناء الكنائس بجوار المساجد؛ لأنها سوف تؤدي إلى شحن النفوس، إذا ما رفع الأذان أو دق جرس في أوقات الصلاة، وبالتالي ستؤدي لعواقب وخيمة.