تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات كشف عن عدة ملاحظات علي نتائج أعمال شركة أبو قير للأسمدة خلال العام المالي 2006/2007. تمثلت الملاحظات في جرد الأصول الثابتة ومطابقة نتائجه علي السجلات في 30/6/2007 بمعرفة الشركة الي جانب حساب الإهلاك وفقا للقواعد والمعدلات السارية والمتبع في السنة المالية السابقة. أشار التقرير إلي أنه لم يتم الانتهاء من تسجيل ونقل ملكية ثلاث شقق سكنية بالمعمورة منذ عام 1983. أضاف التقرير أنه تم تقييم المخزون بالتكلفة كالمتبع السنة السابقة بمعرفة الشركة وطبقا للأصول المركبة. أشار الي ان الشركة أرسلت مصادقات لجميع أصحاب الأرصدة المدينة والدائنة من العملاء والموردين ولم تصدر أي ردود من جانب الشركة حتي صدور التقرير. أوضح تقرير المركزي أن المخصصات الظاهرة بالميزانية الصادرة عن الشركة في 30/6/2007 تزيد علي الالتزامات المقدرة علي الشركة بنحو 334 مليون جنيه منها نحو 252 مليون جنيه تمثل مبالغ تقديرية عن خلافات ضريبية لسنوات لم يتم فحصها ضريبيا إلي جانب ما يقرب من 82 مليون جنيه لا يقابلها التزامات فعلية. ردت شركة أبو قير للأسمدة علي ملاحظات تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات بخصوص نتائج أعمالها العام المالي السابق بأن الشركة قامت بتسجيل ملكية الوحدات السكنية لصالح الشركة وهناك ثلاث دعاوي ثبوت ملكية أرقام 2006/ 2430 و2006/2431 و2006/2429 ومازالت متداولة ولم يصدر أي حكم حتي اليوم بشأنها. أوضحت الشركة انه بدأ بالفعل ورود بعض الردود وجار مطابقتها مع العلم بان المصادقات المرسلة من قبل الشركة للعملاء والموردين مزيلة بعبارة "ما لم يرد رد علي المصادقة خلال خمسة عشر يوما فإن ذلك يعد موافقة علي الرصيد المرسل من قبل الشركة". قالت الشركة في ردها نظرا لعدم ورود نماذج ربط الضريبة لبعض السنوات رغم قيام الشركة بتقديم اقرارتها الضريبية المستحقة عنها وتحسبا لقيام مصلحة الضرائب بإرسال نماذج الربط لهذه السنوات المتأخر فحصها ضريبيا ومطالبة الشركة بسدادها متضمنة قيمة الخلافات التي لم تحسم بعد فانها مازالت منظورة أمام القضاء. تقوم الشركة بتكوين مخصصات لهذه السنوات التي لم يتم ربطها ضريبيا لمقابلة أية التزامات تزيد عما أقرته الشركة وقامت بسداده ضريبيا بالقياس بالالتزامات التاريخية محل الخلاف بالقضاء التي لم تحسم بعد بهدف تحقيق أكبر قدر ممكن للمحافظة علي حقوق الشركة في خلافتها مع مصلحة الضرائب.