تبدأ اليوم الدراسة بجامعة النيل الجديدة في ثلاثة برامج دراسية لنيل درجة الماجستير أولها برنامج ماجستير في إدارة التكنولوجيا MOT بالتعاون مع جامعة مينيسوتا University of Minnesota وجامعة ميامي University of Miami وهما من كبري جامعات الولاياتالمتحدةالأمريكية، ويتضمن البرنامج الثاني ماجستير في الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات - تخصص هندسة البرمجيات -وذلك بالتعاون مع مركز تقييم واعتماد هندسة البرمجيات والذي يتمتع بعلاقات قوية مع جامعات أمريكية وأوروبية أما البرنامج الثالث فهو ماجستير إدارة الأعمال للمديرين والتنفيذيين Executive MBA بالاشتراك مع كلية إدارة الأعمال الأسبانية IESE Business School. صرح بذلك الدكتور طارق خليل رئيس جامعة النيل وقال إن الجامعة تأسست بغرض النهوض بالتعليم العالي والبحث العلمي وهي جامعة خاصة لا تهدف إلي الربح حيث تستثمر جميع إيراداتها في العملية التعليمية وتحرص الجامعة علي تقديم منح دراسية للطلبة المميزين حتي لا تكون مصاريف الدراسة عائقا أمام التحاقهم بالجامعة. وأضاف تعتبر الجامعة مؤسسة فريدة في مجال التعليم العالي تكرس جهودها بصفة أساسية لتحقيق التميز في المجالات ذات الصلة بالتكنولوجيا مع التركيز في الوقت ذاته علي تحقيق تطور كبير في مجال الأعمال والبحوث التطبيقية. كما تعد جامعة النيل جامعة بحثية علي المستوي العالمي وترتبط بعلاقات تعاون وثيقة مع الهيئات الصناعية وغيرها من الجامعات ومراكز البحث الأخري داخل مصر وخارجها في المجالات المستهدفة والتي لها تأثيرها المهم في الاقتصاد الوطني والإقليمي.